Естественный отказ Цэван Рабдана ускорил схватку. В 1715 году началась вторая война между Цинской империей и Джунгарским ханством, которая велась с переменным успехом, не давая явного перевеса ни одной из сторон.
Цэван Рабдан силами своего вассала Цэрэн Дондуба-старшего в 1717 году захватил Тибет. Воспользовавшись этим, Сюанье в 1720 году направил в Лхасу две колонны войск – из Сычуани и Цинхая – под командованием Гэрби и Янь Синя, конницу халхаских князей, а также поднял против ойратов тибетское ополчение из районов нынешнего Сикана.
Потерпев поражение, ойраты ушли из Тибета, что усилило влияние Цинской империи в Центральной Азии. После разгрома и изгнания ойратов маньчжуры оставили в Лхасе двухтысячный монгольский гарнизон. Тибетское правительство и новый Далай-лама до 1723 года оказались под контролем его коменданта.
Следующий маньчжурский император, Айсиньгиоро Иньчжэнь, всемерно усиливал свой контроль над Тибетом, хотя с 1723 по 1727 годы осуществлял отвод цинских войск из Лхасы.
С его завершением в Тибете началась междоусобица. Для подавления начавшегося восстания Иньчжэнь направил во второй поход в Тибет 15 тысяч солдат из Сычуани, Шэньси и Юньнани.
К моменту их прихода наследственный аристократ Полонай со своей девятитысячной армией уже стабилизировал положение.
В награду за это он в 1728 году получил княжеский титул и право управления всей страной. Для постоянного контроля над Тибетом Иньчжэнь оставил в Лхасе двух цинских резидентов и тысячный гарнизон.
Внутренние события в Тибете ускорили установление контроля над ним маньчжурами при следующем императоре – Айсиньгиоро Хунли (правил под девизом «Цяньлун»).
Умершему Полханасу в 1747 году наследовал его сын Гьюрмэ-Намгьял.
Стремясь освободиться от маньчжурского контроля, он задумал вооружённое выступление, стал собирать войска якобы для борьбы с ойратами и установил связь с Джунгарским князьями.
В 1750 году маньчжурские наместники убили Чжурмэд-намчжала.
Это привело к народному восстанию в Лхасе и расправе над маньчжурами.
В ответ Хунли организовал третий поход цинских войск на Тибет. В 1751 году, стремясь ещё больше разобщить страну, он передал управление ею уже не двум лицам, а четырём министрам-правителям, подчинив их Далай-ламе. Ханские и княжеские титулы упразднялись.
По всем важным делам министры-правители должны были советоваться с наместниками; права последних расширились, а цинский гарнизон в Лхасе был увеличен. Всякие связи с Джунгарским ханством запрещались. Многие авторы (исходя в основном по китайским источникам) считают, что Тибет стал частью империи Цин, другие доказывают, что он стал зависимым государством, а не «частью Китая».
Тибет не имел собственной чеканной монеты, и пользовался старой непальской (мохар). После завоевания непальских княжеств королевством Горкха, его правитель Притхви Нараян Шах изъял в 1769 году старую и ввёл новую монету.
Начались переговоры о внедрении в Тибете нового мохара и о его курсе, но они не дали результатов.
Тогда правитель Непала и его регент Батур Се в 1788 году начали войну, и разграбили Тибет, но пришедшие на помощь Тибету китайско-маньчжурские войска разгромили непальцев и дошли до Катманду. По заключённому в 1792 году договору непальский правитель обязался не нарушать границ Тибета, вернуть награбленное, и признал себя данником Цинской империи.
Победу над Непалом в 1792 году Хунли и Хэшэнь использовали для укрепления в Тибете маньчжурского влияния.
