В течение первого года учебы в академии слушатели изучали тактику пехоты, конницы, артиллерии, полевую фортификацию, устройство вооруженных сил вообще и армий важнейших европейских государств в частности, а также и США, историю военного искусства с древнейших времен и до войн Наполеона включительно, историю военного искусства России, общую историю XIX века и русскую историю, геодезию и т. д. Изучение иностранных языков проводилось по вечерам для желающих. Зато верховая езда как на вступительных экзаменах, так и в процессе обучения рассматривалась как ведущая дисциплина в подготовке офицеров Генерального штаба – занятия в манеже проводились практически без перерывов на всех курсах.
Подобное пристрастие к кавалерийскому делу объяснялось опытом Русско-японской войны. Тогда, в бою под Яньтайскими копями, одна из дивизий русской армии, попав в высокий гаолян, рассыпалась. Начальник дивизии генерал Орлов был ранен, а начальник штаба подполковник Глобачев не смог справиться с управлением конем, который унес его в тыл. В результате этого управление дивизией было потеряно, о чем было доложено по команде. Поэтому было решено верховой езде в академии уделять особое внимание.
Академическое начальство строго следило за посещением манежа и лекций, но мало интересовалось тем, что делают офицеры вне стен академии и условиями их жизни.
На втором курсе академии чисто военные дисциплины занимали еще больший удельный вес, чем на первом: стратегия, общая тактика, история новейших войн, общая военная статистика, представлявшая, по существу, обзор пограничных с Россией стран на западе и востоке, инженерная оборона государства, военные сообщения, военно-морское дело и т. д. Помимо работы в академии, к практическим занятиям по тактике приходилось много готовиться дома.
После завершения учебы на втором курсе и сдачи экзаменов офицеры уходили в войска, считаясь окончившими академию по второму разряду. И только те, кто имел успеваемость свыше 10 баллов, оставались для продолжения учебы на дополнительном курсе. В результате такого «отсева» в том году из 95 человек, окончивших старший курс, на дополнительный курс было зачислено 62 человека. В их числе был и Б. М. Шапошников, который по успеваемости был на седьмом месте.
Офицеры, оканчивавшие дополнительный курс, предназначались для службы по линии Генерального штаба, т. е. в качестве обер-квартирмейстеров штабов дивизий (оперативных отделений). Они должны были уметь готовить боевые документы, правильно передавать распоряжения командира, составлять различные аналитические справки и доклады. В связи с этим программа дополнительного курса состояла преимущественно из практических занятий и разработки письменных научных работ. По результатам проведенных исследований требовалось делать доклады.
В начале XX века академия все больше ориентировалась не только на подготовку офицеров для службы по линии Генерального штаба, но и для работы в войсках. В связи с этим приказом по Военному ведомству от 12 августа 1909 года она была переименована и стала называться Императорской Николаевской военной академией.
Академию возглавлял в период учебы в ней Шапошникова генерал Д. Г. Щербачев. По словам Бориса Михайловича, на этот пост Щербачев попал только потому, что активно участвовал в подавлении революции 1905 года. Под стать начальнику был и правитель дел академии полковник А. К. Баиов. По своему служебному положению правитель дел имел большой вес в постановке учебного процесса. Сам он читал лекции по истории военного искусства, «читал скучно и нудно». Полной бездарностью был преподаватель тактики конницы профессор А. Г. Елчанинов, который к тому же плохо ездил на лошади и потому приходил иногда на лекции с забинтованной головой. За это и за его ум офицеры окрестили Елчанинова «всадником без головы».
