Руководство (Виктор Семенович Абакумов, Мильштейн, Федор Яковлевич Тутушкин, Николай Алексеевич Осетров, Лаврентий Фомич Цанава).
Секретариат (Яков Михайлович Броверман).
Оперативное отделение (Александр Васильевич Миусов).
Следственная часть (Борис Семенович Павловский):
1-е отделение (по шпионажу);
2-е отделение (антисоветские формирования);
3-е отделение (по руководству следственной работой на периферии).
1-й отдел (майор ГБ Иван Иванович Москаленко; Генштаб Красной Армии, штабы фронтов, армий, разведорганы):
1-е отделение (оперативное управление Генштаба РККА, штабы фронтов и армий);
2-е отделение (все управления и отделы Генштаба, узел связи, управление кадров);
3-е отделение (Главное разведывательное управление Генштаба, разведорганы фронтов и армий).
2-й отдел (майор ГБ Александр Алексеевич Авсеевич; обслуживание ВВС, ВДВ и ПВО):
1-е отделение (Штаб ВВС Красной Армии);
2-е отделение (вооружение и тыл ВВС);
3-е отделение (академии ВВС и руководство периферийной работой по частям ВВС);
4-е отделение (ПВО);
5-е отделение (воздушно-десантные войска).
3-й отдел (майор ГБ Вячеслав Павлович Рогов; Главное автобронетанковое управление (ГАБУ), Главное артиллерийское управление (ГАУ) Красной Армии, танковые войска и артиллерия, гвардейские минометные части):
1-е отделение (ГАБТУ Красной Армии, АБТУ фронтов и армий, танковые армии, танковые корпуса и бригады, НИИ танковый полигон);
2-е отделение (Главное управление начальника артиллерии (ГУНАРТ) Красной Армии, Управление гвардейских минометных частей, артиллерийские управления фронтов, артотделы армий, артиллерия Резерва Главного командования, минометные части Красной Армии);
3-е отделение (ГАУ Красной Армии).
4-й отдел (майор ГБ Григорий Самойлович Болотин-Балясный; руководство агентурно-оперативной работой особорганов фронтов по родам войск: пехота, артиллерия, кавалерия, борьба с изменой, дезертирством, самострелами и заградительная служба):
1-е отделение (обслуживало фронты: Карельский, Ленинградский, Волховский, Северо-Западный, Калининский; 7-ю отдельную армию и Резервную армию);
2-е отделение (обслуживало фронты: Западный, Брянский, Юго-Западный, Южный и Северо-Кавказский);
3-е отделение (по борьбе с изменой, дезертирством и самострелами, организация заградительной службы);
4-е отделение (редакции военных газет, органы военной прокуратуры, военные трибуналы, Центральный дом Красной Армии (ЦДКА), Дома творчества Красной Армии (ДТКА), ансамбли, оркестры, военные академии).
5-й отдел (майор ГБ Константин Павлович Прохоренко; Главное интендантское управление, Главное санитарное управление, Ветеринарное управление, Главное управление военных сообщений, Главвоенстрой, АХО, Квартирно-эксплуатационное управление, академии):
1-е отделение (Главное интендантское управление, интендантские управления фронтов, интендантские отделы армий, АХО, Управление снабжения горючим, интендантские отделы армий);
2-е отделение (Главное сануправление, Ветеринарное управление, фронтовые и окружные санслужба и ветслужба, органы Военного Сообщения (ВОСО), Главное автодорожное управление, Квартирно-эксплутационное управление (КЭУ), Главвоенстрой, Военпроект, академии).
6-й отдел (майор ГБ Семен Петрович Юхимович; войска НКВД):
1-е отделение (пограничные войска и учебные заведения войск НКВД);
2-е отделение (внутренние войска и войска охраны тыла фронтов);
