Дипломатическая деятельность Бернадотта была короткой. Уже через несколько месяцев за бестактность в проявлении своих республиканских убеждений в монархической Вене он был отозван во Францию и назначен командующим Обсервационной армией на Верхнем Рейне (1798 г.).
В ходе кампании 1799 г. Бернадотту удалось не только сдержать натиск превосходящих сил противника, но и нанести ему ряд поражений, в том числе овладеть крепостью Мангейм.
С июля по сентябрь 1799 г. Бернадотт занимал пост военного министра Французской республики, проявив незаурядные административные способности. Однако его тесные связи с якобинцами, отстраненными от власти летом 1794 г., отдельные группы которых он вместе с генералом Журданом пытался объединить в партию и возглавить ее, вызвали подозрение Директории. В результате Бернадотт был снят с должности и уволен в отставку.
Перевороту 18 брюмера (9 ноября 1799 г.) Бернадотт не сочувствовал, но и не осмелился открыто выступить против него, да и возможности такой он не имел, находясь не у дел. Тем не менее сторонники Наполеона Бонапарта, пришедшего в результате переворота к власти во Франции, учитывая нелояльность Бернадотта, включили его в список лиц, подлежащих изгнанию. Но Бонапарт, несмотря на свое негативное отношение к Бернадоту, все же вычеркнул его из этого списка. Такая странная, на первый взгляд, снисходительность первого консула к своему явному противнику объяснялась, видимо, прежде всего его уважением к корсиканским нравам и обычаям с их патриархально-родовым менталитетом. Поэтому немаловажную роль в судьбе Бернадота сыграла, по всей вероятности, его косвенная принадлежность к клану Бонапартов, заступничество свояка Жозефа Бонапарта и его жены (сестры жены Бернадотта), не угасшее чувство Наполеона к когда-то любимой им женщине, ставшей женой Бернадотта, а также тайный расчет Наполеона привлечь на свою сторону, хотя и строптивого, но талантливого генерала.
Таким образом, фортуна в очередной раз улыбнулась Бернадотту. Отставной генерал благодаря счастливому для него стечению обстоятельств сумел не только избежать жалкого удела изгнанника, но и вернуться на военную службу, продолжить свою так блистательно начатую военную карьеру.
Первый консул Наполеон Бонапарт назначил Бернадота командующим Западной армией и членом Государственного совета.
В 1800—01 гг. Бернадотт подавил последние очаги восстания в Вандее и восстановил мир и спокойствие в этой мятежной провинции, до предела опустошенной за несколько лет ожесточенной гражданской войны.
Заглушив свою былую неприязнь к Бернадотту, Наполеон предпринимает активные усилия для привлечения этого человека в число своих ближайших сподвижников. В 1804 г. он назначает Бернадота генерал-губернатором Ганновера, награждает Командорским крестом ордена Почетного легиона и производит в маршалы Империи.
В 1805 г. Бернадотт получает Большой крест ордена Почетного легиона (высшая награда в наполеоновской Франции). В 1806 г. Наполеон делает его владетельным князем Понтекорво.
Однако все эти почести и награды не изменили отношения Бернадотта к Наполеону. В начале 1805 г. до императора доходят слухи о враждебных высказываниях Бернадотта в его адрес. Он рассматривает возможность удаления неблагодарного родственника из Франции путем назначения его послом в США. Но начавшаяся вскоре война с Австрией заставила Наполеона отложить реализацию этого замысла. Бернадотт назначается командиром I-го корпуса Великой армии.
