9 июля 1800 г. – шеф эскадрона. 13 октября 1802 г. – полковник, командир конных егерей Консульской гвардии, 17 октября 1804 г. – бригадный генерал, 18 мая 1804 г. – архиканцлер, 1 июля 1804 г. – генерал-полковник егерей, с 17 октября 1804 г. по 23 декабря 1805 г. – командир конных егерей Императорской гвардии.
Во время коронации нёс золотое кольцо Императора. 1 февраля 1805 г. – принц Империи и сенатор, 7 июня 1805 г. – вице-король Италии с резиденцией в Милане, с 23 сентября 1805 г. возглавлял корпус, предназначенный для блокады Венеции, 3 января 1806 г. – главнокомандующий вооружённых сил Итальянского королевства, 12 января 1806 г. – генерал-губернатор Венеции.
16 февраля 1806 г. официально усыновлён Императором Наполеоном.
Во время Австрийской кампании 1809 г. занимал с 9 апреля пост главнокомандующего в Италии, 16 апреля был атакован войсками эрцгерцога Карла при Сачиле и вынужден отступить к Вероне, к 26 апреля сосредоточил в своих руках до 60 тыс. солдат, 8 мая форсировал реку Пиаве, 10 мая переправился через Тальяменто и освободил крепость Пальманову, после чего направил правую колонну генерала Макдональда для захвата Лайбаха; центральную колонну генерала Сера – на Предильский укреплённый лагерь, а сам во главе левой колонны двинулся на форт Мальборгетто, который и захватил 17 мая. 25 мая 1809 г. нанёс поражение австрийцам при Сан-Микеле и 27 мая соединился с лёгкой кавалерией Германской Aрмии, 14 июня 1809 г. отбросил войска эрцгерцога Иоанна от Рааба и пустился в преследование, оставив отряд генерала Лористона для осады Рааба, капитулировавшего 22 июня 1809 г., после присоединения к основной армии принимал участие в сражении при Ваграме.
С 1 апреля 1812 г. командовал IV-м корпусом Великой Армии (Grande Armee) (30 тыс. преимущественно итальянских войск), cражался при Островно, Витебске, Смоленске, Бородино, Малоярославце, Вязьме, Красном и Березине, после отьезда Наполеона и маршала Мюрата возглавил 16 января 1813 г. остатки Великой Армии, которую привёл в Магдебург.
Потом Император скажет: «Мы все совершали ошибки. Евгений – единственный, кто их не наделал».
В 1813 г. тесть Эжена, король Максимилиан I-й Баварский (1756—1825) прислал к нему князя Августа Турн-и-Таксис с предложением перейти в лагерь союзников, но тот остался верен Императору («Я скорее пожертвую своим будущим счастьем и благоденствием моей семьи, нежели нарушу данную клятву») и командовал группировкой из V-го и XI-го армейских корпусов.
…Кстати, он был женат на принцессе Агнессе Амалии фон Виттельсбах (1788—1851), дочери короля Баварии, от которой имел шестерых детей: Жозефина-Максимильена-Эжени (1807—1876), супруга наследного принца Швеции и Норвегии Оскара Бернадотта; Эжени-Гортензия-Августа (18098—1847), супруга принца Гогенцоллерн-Хехингена; Огюст-Шарль-Эжен-Наполеон (1810—1835), женатый на Марии II-й, королеве Португалии; Амалия-Августа-Эжени (1812—1873), супруга императора Бразилии Педро I-го; Теоделина-Луиза-Эжени-Августа (1814—1857), супруга графа Вюртемберга Максимилиан-Иосиф и Максимилиан-Жозеф-Эжен-Огюст-Наполеон (1817—1852), женатый на Великой княжне Марии Николаевне, дочери императора Николая I-го…
После битвы под Люценом Наполеон направил его в Италию для защиты её от австрийцев, с 16 мая 1813 г. командовал резервной Итальянской армией, Иллирийскими провинциями и 27-м; 28-м и 29-м военными округами, провёл ряд успешных операций по защите Северной Италии, 8 февраля 1814 г. нанёс австрийцам поражение при Минчио и прекратил военные действия только с известием о капитуляции Парижа, 16 апреля 1814 г. подписал с графом Бельгардом мирный договор в Шиарино-Риццино, после чего передал командование генералу Гренье и в июне 1814 г. уехал в Баварию к своему тестю.
