Вскоре он получил уведомление, что его перевели в Генерал-квартирмейстер-штаб, и он отправился в Монс, где была главная квартира принца Кобургского. При возобновлении военных действий Нейпперг участвовал во всех сражениях на Самбре, в окрестностях Шарлеруа, при Турне и Эрклине.
Когда Журдан, 18 июня, перешел Самбру, Нейпперг был ранен в ногу в деле при Эрлемоне; по выздоровлении, 27 августа, находясь с кавалерийским отрядом в засаде у деревни Эльдерен, он напал на французского генерала Буассе, шедшего к Мюнстербелю, и взял в плен 400 человек.
Клерфе, назначенный главнокомандующим армией, дал в Маастрихте Нейппергу трудное поручение: с несколькими отборными кавалеристами отправиться в разные голландские крепости и вручить комендантам их секретные предписания. Это поручение, требовавшее решительности и осторожности отчасти уже было выполнено Нейппергом, но неожиданное наступление Пишегрю сделало его крайне опасным.
Пробираясь через порядки окруживших его со всех сторон французские войска, Нейпперг имел несколько стычек с отдельными французскими отрядами. 14 сентября, близ деревни Долен он столкнулся с сильным неприятельским конным отрядом, и после отчаянного сопротивления, получив восемь ран и лишившись правого глаза, был взят в плен.
Он оставался во Франции до января 1795 г., когда был отпущен в Австрию, с обязательством не служить против Франции до известного срока, по истечении которого находился в битве при Майнце, за что был произведён в капитаны.
В 1796 г. Нейпперг был отправлен в Италию. Там он отличился во многих сражениях, происходивших вследствие намерения австрийцев подать помощь Мантуе. В следующем году он состоял в корпусе генерала Лаудона, защищавшем Тироль, и ознаменовал себя храбростью и дипломатическими способностями, которые обнаружил в переговорах о демаркационной линии.
17 октября 1797 г. был заключен Кампо-Формийский мир, и Нейпперг занялся генерал-квартирмейстерскими делами.
С открытием в 1799 г. Второй коалиционной войны Нейпперг много содействовал успеху сражения при Кассано и взятию в плен генерала Серюрье. По представлению Суворова Нейпперг получил чин майора и способствовал формированию пьемонтской милиции.
Нe меньше храбрости и расторопности выказал Нейпперг в 1800 г., при взятии Мон-Сени (8 апреля), в сражении при Маренго и переговорах о заключении перемирия. В сентябре он служил в штабе в Мантуанском гарнизоне, а в конце декабря, с честью сражаясь на берегах Минчо. Получил Военный орд. Марии Терезии.
В 1801 г. служил в штабе дивизии Вукасовича, а затем корпуса Кейма. С 31 июля 1804 г. подполковник 2-го уланского полка, 1 июня 1805 г. переведен в 5-й гусарский полк.
В австро-русскую кампанию 1805 г. сражался при Кальдьеро, Изонцо (15 ноября) и Идрии (26 ноября).
…Между прочим, в 1806 г. женился на графине Терезии фон Пола (1778—1815). В браке родилось четверо сыновей: Альфред (1807—1865) – женился на дочери вюртембергского короля Вильгельма I Марии (1816—1887), Фердинанд (1809—1843), Густав (1811—1850), Эрвин (1813—1897) – в австрийской армии дослужился до фельдмаршал-лейтенанта…
В 1806 г. получил чин полковника.
С октября 1806 по октябрь 1808 г. служил в кирасирском полку на кордонной линии на Висле. В 1809 г. назначен генерал-адъютантом армии эрцгерцога Фердинанда, под началом которого участвовал в войне с Варшавским герцогством.
