В 1458 году у московского митрополита Ионы под давлением Римского папы Калликста III польский король Казимир IV отнял русские епархии, находившееся в Литве, и поставил во главе их митрополита-униата Григория.
Григорий в 1470 году вышел из унии и был принят в общение православным Константинопольским патриархом.
Образовалось две митрополии: самопровозглашенная Московская и Киевская, которая была частью Константинопольского патриархата. С 1448 по 1589 год Московская Церковь управлялась фактически независимыми Киевскими, а затем Московскими и всея Руси митрополитами.
Созванный митрополитом Ионой в конце 1459 года Собор московских епископов констатировал факт разделения Русской митрополии, Собор решил быть «неотступным от Святой Церкви Московской».
Начиная с правления Иоанна III, в Русском государстве начала формироваться религиозно-историософская и политическая идеология, согласно которой, вследствие политического падения Византии, единственным государственным оплотом вселенского православия становилась Москва, которая получала достоинство Третьего Рима.
В несколько модифицированном виде эта идея была формально закреплена в Уложенной Грамоте 1589 года от имени Константинопольского Патриарха Иеремии II.
В Русской Церкви в данный период формировался взгляд на русское благочестие как единственное во всём мире неповреждённое и спасительное учение Христа. Христиане иных исповедований не считались таковыми и подлежали перекрещиванию при присоединении к православию (q. v. в статье Латинство).
В результате сформировалась специфически московская религиозность с особым упором на внешний ритуал, абсолютную неизменность богослужебных форм, а также то, что некоторые исследователи именуют «бытовым исповедничеством».
В 1478 году, вследствие присоединения Новгорода к Московскому княжеству, была окончательно ликвидирована юрисдикционная автономия Новгородской епархии.
Московская Митрополия с 1470 по 1504 года была сотрясаема ересью жидовствующих, которую окончательно осудил Московский собор 1504 года.
С конца XV век до половины XVI века не затихала борьба между нестяжателями и иосифлянами. Макарьевские соборы 1547 и 1549 годов провели канонизацию святых в Русской церкви и установили порядок канонизации святых по соборному решению епископов и благословению первого иерарха церкви.
Большое значение в истории Русской церкви имел Стоглавый собор 1551 года.
Ряд определений Стоглава, таких как о двоеперстии, о сугубой (двойной) аллилуйе стали предметом споров при проведении церковной реформы в XVII веке, а определение о «небритии брады» и «нестрижении усов» послужило к большему отчуждению старообрядцев при проведении реформ Петра I в начале XVIII века.
Но и в этой истории есть одна большая тайна!
О которой ох как не любят поминать в РПЦ МП!
Особенно когда встает вопрос о том, как Московская патриархия подчиняла себе Киевского митрополита! чем собственно и был завершен процесс становления Православия «МОСКОВСКОГО ТОЛКА»
Религиовед, сотрудник Института религии и общества УКУ Анатолий Бабинский, исследовавшим этот вопрос говорит:
«Подчинение Киевской митрополии Московскому Патриарху – довольно запутанная история.
Там есть все: и подкупы, и противостояние местного украинского клира, и манипуляции с избранием очередного Киевского митрополита».
Если коротко, то все было так: в 1686 году Киевскую митрополию Константинопольского патриархата присоединили к Московскому патриархату, когда Вселенский патриарх Дионисий IV и Священный Синод Константинопольской Церкви выдали противоречивый Томос (указ) о передаче Киевской митрополии в юрисдикцию Московского патриархата.
