В отношении телесных наказаний Пирогов был последователем Дж. Локка, трактуя телесное наказание как унижение ребёнка, наносящее непоправимый ущерб его нравственности, приучающее его к рабскому повиновению, основанному лишь на страхе, а не на осмыслении и оценке своих поступков. Рабское повиновение формирует натуру порочную, ищущую возмездия за свои унижения. Н. И. Пирогов полагал, что результат обучения и нравственного воспитания, действенность методов поддержания дисциплины определяются объективной по возможности оценкой учителем всех обстоятельств, вызвавших проступок, и назначением наказания, воспитывающего его. Он считал, что иначе оно тормозит нравственное воспитание детей, сужает их кругозор; осуждал произвол, казарменный режим в учебных заведениях, бездумное отношение к детям.
Он считал, что гуманное отношение к ребенку – основное условие развития детской личности: «Ничто так не способствует развитию самых драгоценных свойств человеческой натуры, мысли и слова, как гуманизм», – утверждал педагог – Подьём человеческого достоинства ребенка, предотвращение его унижению поможет избежать негативных качеств характера. Гуманизмом и любовью пронизано обращение к меценатам: «Теперь, когда мы, кажется, начинаем уже серьезно убеждаться, что настоящего прогресса можно достичь одним – единственным путем воспитания, теперь, говорю, кто по-настоящему любит Родину, для кого грядущее и потомки составляют идею земного бессмертия, тот должен и милосердие посвятить исключительно детям. Дети – вот современная специальность для наших благодетелей».
Николай Иванович указывал, что основанием последующего профессионального образования должно быть широкое общее образование; предлагал привлечь к преподаванию в высшей школе крупных учёных, рекомендовал усилить беседы профессоров со студентами; боролся за общее светское образование; призывал уважать личность ребёнка; боролся за автономию высшей школы на формирование нравственных убеждений, воли, чувства гражданской ответственности и осознание необходимости самовоспитания, т.е. глубокое освоение гуманистического потенциала человека, тех общечеловеческих ценностей, которые составляют суть человеческого в человеке.
В России его идеи послужили источником дальнейшего творчества и практической деятельности в педагогике. В работе «Вопросы жизни» Н. И. Пирогов обосновал гуманистическую идею воспитания истинного человека-гражданина, которую он стремился реализовать в своей административной, научно-теоретической и педагогической деятельности. При этом считал хорошую дисциплину одним из важнейших условий успеха обучения и нравственного воспитания.
В своей статье «Нужно ли сечь детей, и сечь в присутствии других детей?» (1858), которая явилась откликом на служебный отчет директора гимназии Одесского учебного округа, Н. И. Пирогов принципиально осудил телесные наказания детей и горячо доказывал, что применение розог антипедагогично, что телесные наказания уничтожают в ребенке стыд, развращают детей и должны быть отменены.
Гуманизм педагога прослеживался и в личностно-ориентированном подходе к каждому ребенку. Он подчеркивал: «Главная задача педагогики состоит в том, чтобы, пользуясь естественной склонностью человека, живущего в обществе, дать надлежащее направление и направлять его к развитию чувства законности, правды и чести». Вслед за многими мыслителями Н. И. Пирогов считал двойственность человека следствием его биологической и общественной природы. Он утверждал, что каждой личности свойственна постоянная борьба внутренней и внешней природы. Воспитание оказывается единственно приемлемым способом привести в гармонию природное и общественное в человеке:
