В сентябре 1919 года Николая Кузнецова зачислили на службу в Северодвинскую военную флотилию. Он рвался в бой, но его определили на «бумажную работу» в штаб. К концу 1919 года Николаю удалось упросить командира назначить его в боевой экипаж на канонерскую лодку. В этом качестве в звании краснофлотца Николай Кузнецов принял участие в гражданской войне. Но недолго он оставался на канонерской лодке – бои на севере закончились, и Северодвинская флотилия была расформирована.
Осенью 1920 года Кузнецов был переведен в Петроград и зачислен в Центральный флотский экипаж. Он принимал участие в ликвидации Кронштадтского мятежа. Обратив внимание на трудолюбивого и целеустремленного молодого человека, начальство посоветовало Кузнецову продолжить учебу, и в декабре 1920 года он поступает на подготовительные курсы при военно-морском училище.
В сентябре 1922 года Кузнецов стал курсантом. В училище юный моряк настойчиво изучал программу, участвовал в практических плаваниях. За время учебы он плавал на крейсере «Аврора», линкоре «Парижская коммуна» и других кораблях. Он побывал в Северном и Норвежском морях, в Атлантическом и Северном Ледовитом океанах.
5 октября 1926 года Кузнецов с отличием окончил военно-морское училище и получил звание командира РККФ с зачислением в средний строевой командирский состав ВМС РККА. Ему как отличнику было предоставлено право выбора флота. К удивлению многих Кузнецов избрал местом своей будущей службы Черноморский флот, крейсер «Червона Украина». Он был назначен вахтенным начальником этого крейсера, а также командиром первого плутонга и командиром строевой роты.
С августа 1927 до 1 октября 1929 года Кузнецов – старший вахтенный начальник крейсера. В очередной аттестации отмечено: «Заслуживает продвижения во внеочередном порядке». Как наиболее подготовленного и перспективного командира его направляют на учебу в академию.
С 1 октября 1929 по 4 мая 1932 года Н.Г.Кузнецов учится в Военно-морской академии. Учился он с большим увлечением (освоил немецкий и французский языки), и программа не показалась ему слишком сложной. Стажировку Кузнецов проходил в штабе морских сил Балтики, и ему было предложено после окончания академии перейти на работу в штаб. Академию он оканчивает с отличием. Кузнецов опять всех удивил, категорически отказавшись и от штабной работы, и от должности командира большого корабля.
Кузнецов получил назначение на должность старшего помощника командира нового крейсера «Красный Кавказ». За год команда корабля превратилась в дружный, сплоченный коллектив, способный четко действовать в любых сложных условиях обстановки. В 1933 году крейсер вошел в состав боевого ядра Черноморского флота.
В ноябре 1933 года капитан 2-го ранга Кузнецов назначается командиром крейсера «Червона Украина». В этой должности он пробыл до 15 августа 1936 года. Став командиром крейсера, Николай Герасимович прежде всего начал отрабатывать организацию корабельной службы. Ломая сложившийся на флоте стереотип сезонной боевой подготовки, он уже в марте выводил крейсер в море, отрабатывая навыки плавания в любых погодных условиях. Им была разработана система боевой готовности одиночного корабля; позднее она была принята на всех флотах СССР. Экипаж крейсера приобрел навыки стрельбы орудий главного калибра на самых больших скоростях хода крейсера и на предельной дистанции обнаружения цели. Впервые артиллеристы стали использовать самолет для корректировки невидимой цели. Вскоре на флоте стали говорить о новом методе подготовки экипажа «по системе Кузнецова».
