Наступление войск 2-го Украинского фронта продолжалось, и к октябрю 1944 года, пройдя на запад и северо-запад до 500 километров, они подошли к границам Венгрии и Югославии. В октябре перед Малиновским была поставлена задача по разгрому войск противника в северных районах Румынии и на территории Юго-Восточной Венгрии. К этому времени в оперативном подчинении Малиновского находились и румынские части. Войскам 2-го Украинского фронта противостояла группа армий «Юг», состоящая из 8-й и 6-й немецких, 3-й и 2-й венгерских армий. Малиновский разработал и успешно провел Дебреценскую наступательную операцию.
Наступление началось 6 октября. В ходе напряженных боев был отражен контрудар трех армейских и одного танкового корпусов противника, войска фронта нанесли тяжелое поражение группе армий «Юг» – были разгромлены 10 немецких дивизий. К 28 октября был освобожден Дебрецен и захвачен крупный оперативный плацдарм на западном берегу Тисы. За время проведения операции войска 2-го Украинского фронта продвинулись на 130—275 километров.
28 октября Сталин приказал Малиновскому наступать на Будапешт.
Будапештская операция стала одной из самых продолжительных и трудных операций, проводимых Малиновским в годы Великой Отечественной войны. Начавшись 29 октября 1944 года, операция была завершена только 13 февраля 1945 года.
Подвижные соединения фронта, прорвав оборону противника, вышли к столице Венгрии уже 2 ноября, но с ходу взять город так и не смогли. К концу ноября войска Малиновского вышли к внешнему оборонительному обводу Будапешта с юга и юго-востока, к началу декабря – с севера и востока. Затем при содействии войск 3-го Украинского фронта к концу декабря оборона противника по внешнему обводу была прорвана с юго-западной стороны, и 26 декабря будапештская группировка противника была полностью окружена. На завершающем этапе операции войска 2-го и 3-го Украинских фронтов полтора месяца отражали контрудары противника на внешнем фронте и ликвидировали окруженную группировку в столице Венгрии. Немецкому командованию так и не удалось освободить находящуюся в окружении группировку и закрепиться на рубеже Дуная. В ходе ожесточенных боев советские части разгромили 20 дивизий противника, уничтожили и пленили до 190 тысяч солдат.
Затем войска Малиновского участвовали в Венской операции, проходившей с 16 марта по 15 апреля 1945 года. 26 апреля 1945 года маршал Малиновский был награжден орденом «Победа».
После взятия Берлина остатки войск группы армий «Центр» продолжали оказывать упорное сопротивление в Чехословакии. Для разгрома последнего очага сопротивления и освобождения Праги было решено провести Пражскую операцию силами 1-го, 2-го и 4-го Украинских фронтов. Операция проходила в период с 6 по 11 мая 1945 года. 9 мая в южное предместье Праги во второй половине дня с юга вступили части 2-го Украинского фронта, подвижные соединения других фронтов наступали с севера и северо-запада. Война в Европе была завершена.
Уже в июле 1945 года Родион Яковлевич назначается командующим войсками Забайкальского фронта, действовавшего на главном направлении в Маньчжурской стратегической операции по разгрому Квантунской армии.
Цель операции Забайкальского фронта состояла в том, чтобы разгромить японские войска в западной части Маньчжурии, отрезать им пути отхода в Северный Китай и во взаимодействии с войсками 1-го и 2-го Дальневосточных фронтов окружить и уничтожить главные силы Квантунской армии. Войска фронта должны были нанести главный удар в центре с восточной части территории Монгольской Народной Республики в направлении на Чанчунь, преодолеть хребет Большой Хинган и охватить с юга главные силы Квантунской армии.
