Едва Сервет появился в Женеве, как Ж. Кальвин тут же опознал его, и женевская консистория «сочла правильным заключить Сервета в тюрьму, дабы лишить возможности и далее отравлять мир своей ересью и богохульством, поскольку он известен как человек неисправимый и безнадежный». Те же четыре стены, то же маленькое окошко под потолком и тот же неусыпный надзор тюремщика в узкий глазок двери, обитой железом… Но по законам Женевы обвинитель тоже должен был находиться в тюрьме до тех пор, пока не доказана вина обвиняемого. Однако Ж. Кальвин препоручил обязанности обвинителя своему секретарю Никола де ля Фонтену, который представил на суд написанный рукой реформатора донос на Сервета.
Снова начались расследования и мучительные допросы, вновь от Сервета потребовали, чтобы он отрекся от своих взглядов, вновь начались споры между обвинителем и обвиняемым, которому было предъявлено 49 обвинений: в подрыве устоев христианской религии, отождествлении Бога с природой, выступлениях против Троицы, поддержке мятежных крестьян и т. д. Его обвиняли даже в том, что он бежал от суда католиков… Сервет опровергал все обвинения, заявляя, что выступал не против христианской веры, а за освобождение этого учения от всех извращений, которые внесли в него люди, слишком заботящиеся о своем земном благополучии. Он выступал не против Церкви вообще, а против той Церкви, которая душит свободную мысль и всякое стремление к познанию истины, если эта истина расходилась с установленными догматами. Судьи оказались в затруднении, так как ничего не могли возразить ему. И тогда на судебное заседание пришел сам Ж. Кальвин, но и ему не удалось разбить доводы Сервета. И тогда он обвинил его в подрыве государственных устоев, что могло вызвать серьезные политические последствия. Опровергнуть такое обвинение оказалось не так-то просто…
Проходили дни, недели, месяцы; судьи колебались и не решались вынести Сервету смертный приговор, не желая брать на себя такую ответственность. Но Кальвин, никогда не прощавший своих врагов, был непреклонен; ему удалось навязать суду свою точку зрения, и тот приговорил Сервета к сожжению. Тем не менее Кальвин решил проявить «милосердие»: он выступил против столь жестокого приговора и настаивал на том, чтобы преступнику отрубили голову. На этот раз «немилосердными» оказались судьи…
Ранним утром 27 октября 1553 года на улицах Женевы, ведущих от городской тюрьмы к холму Шампель, начали собираться люди. Стоя группами, они обсуждали предстоящее событие – сожжение еретика, осмелившегося критиковать святое учение. Ждать пришлось долго: только около полудня отворились массивные ворота тюрьмы, и в сопровождении алебардщиков вышел изможденный, скованный цепями человек в изорванной одежде. Сервет с трудом поднял руку, прикрывая ладонью глаза, много дней не видевшие дневного света. А потом жадно вдохнул воздух и покачнулся, опьяненный его свежестью… С трудом сделал шаг: свинцовая тяжесть сковала измученное пытками тело, но он стиснул зубы и медленно пошел по мостовой. Никто не должен был видеть, как ему тяжело: он не склонял головы, когда тюремщики терзали его, требуя раскаяться в грехах, не склонит ее и в свой смертный час…
Сервет медленно шел, чувствуя на себе взгляды сотен людей, которые собрались здесь по воле Ж. Кальвина. Но среди злобных и гневных взглядов Сервет видел и сочувствующие. А сзади все раздавался громкий шепот сопровождавшего его пастора Фареля: «Одумайся! Отрекись! Покайся!»… В ответ он только отрицательно качал головой, и спекшиеся от жажды губы еле слышно произнесли одно слово: «Нет!» У подножия холма Шампель бурлила людская толпа, на почетных местах восседали члены суда, но Ж. Кальвина среди них не было: сославшись на нездоровье, он отказался присутствовать при совершении казни. Сервет увидел сложенные для костра поленья и палача, державшего в руках соломенный венок, пропитанный серой. Он поднял голову, и солнце вновь ослепило его глаза… А палач уже привязывал его к позорному столбу и бросил к ногам книгу «Восстановление христианства», а потом швырнул туда же горящий факел. Сырые поленья разгорались плохо: они только тлели, заволакивая Сервета дымом. Стон заменил последнее слово мученика, и, как рассказывает легенда, какая-то женщина не выдержала этого страшного зрелища и подбросила в костер сухого хвороста…
