Около 1395 (или 1396) года турки почти до основания разрушили и разорили монастырь: целыми остались только каменная церковь и Хрельова башня. Несколько десятилетий монастырь находился в запустении и скорее всего в нем никто не жил, так как на развалинах выросли деревья, из-за которых виднелись только церковь и башня.
Когда вся Болгария оказалась под властью Османской империи, монастыри оставались почти единственными очагами болгарского национального духа и культурных традиций народа. Однако общий упадок, наступивший в порабощенной стране, отразился и на положении Рильского монастыря. Уменьшился поток паломников, несмотря на фирманы турецких султанов, монастырь лишился части своих земель. Во второй половине XV века при султане Мураде II монастырь вновь был разорен, и монахи вынуждены были уйти из него. О бедственном положении говорит, например, летописец Владислав Грамматик:
Много стран и селений вместе с честными монастырями и Божьими храмами были разрушены огнем и по причине этого обречены на полное запустение. Тогда же разрушена была и опустела… пресвятая обитель боголюбивого отца в Рильском монастыре.
Вновь Рильский монастырь восстановили, немало потрудившись, три брата-иеромонаха – Иоасафан, Давид и Феофан. Наряду с обновлением монастыря, возродился и культ мощей Ивана Рильского, ставших символом могущества христианской церкви и роста самосознания болгарского народа. В мрачные годы ига Османов, когда болгарскому народу грозила ассимиляция, восставший из руин Рильский монастырь возглавил борьбу против духовного порабощения народа. Для возрождения былой славы монастыря монахи решили вернуть мощи святого Ивана Рильского, находившиеся в Тырново. Немалых усилий стоило получить разрешение турецких властей, однако в 1469 году состоялось торжественное перенесение мощей святого в Рильский монастырь, которое превратилось во всенародный праздник. В восстановленный монастырь шли на поклонение со всех концов страны, ведь здесь сберегались и другие реликвии прошлого, а церковная служба велась на родном языке. Здесь болгарский народ чувствовал свою общую сплоченность, здесь жил болгарский дух.
За счет щедрых дарений монастырь стал быстро богатеть, а благодаря умелому руководству деятельностью братьев в нем развернулась огромная литературная работа. Именно в те годы в обители работали известные литераторы Владислав Грамматик, Димитр Кантакузин и Гавриил Мардарий.
На рубеже XVI–XVII веков в Рильских горах свирепствовали разбойники, но монастырь пострадал не от них, а от турецких солдат, которых послали преследовать разбойников. И многое из восстановленного было снова разрушено. Но несмотря на все перипетии судьбы, Рильский монастырь оставался религиозным и культурным центром Болгарии. В нем работали многие книжники, и, в частности, были написаны «Апостол» и «Евангелие» Спиридона Афанасия, сборник житий и другие сочинения. Кроме того, монастырь приобретал рукописи, которые создавались и в других литературных центрах. В 1577 году крупницкий митрополит Иоасаф подарил Рильскому монастырю «Четвероевангелие» в позолоченном окладе, выполненном с большим художественным мастерством. На его лицевой стороне изображены болгарские святые Иван Рильский, Прохор Пшинский и Иоаким Сарандапорский, а по краю выгравирована надпись: «Поминайте в своих молитвах брата Матея, золотых дел мастера из Софии, который потрудился над окладом сего Евангелия».
