Служба на миноносце началась напряжённая – та, о которой лейтенант Колчак и мечтал: бессменные, многосуточные дежурства на внешних рейдах по защите аван-портов и береговых укреплений, скрытные ночные рейды на постановки минных банок, траление мин противника под его ураганным огнём, рысканье по вражеским коммуникациям ради одного-единственного торпедного залпа, яростные артиллерийские дуэли, уходя от преследования… И – странное дело – Колчак, никогда при жизни адмирала Макарова не являвшийся его учеником в классическом понимании этого слова, был им признан на флоте безоговорочно! Но война есть война – ранения… госпиталя… Профессиональный, промозглый, «родом» ещё из Арктики, флотский ревматизм. Снова госпиталя. Временное списание по здоровью на берег… И – снова артиллерия: грамотная организация артиллерийской обороны Порт-Артура на вверенных ему участках! Потом – снова ранение, снова – госпиталь… Сдача Порт-Артура. Плен.
По возвращении из плена – снова госпиталь и длительный отпуск. Колчак с головой погружается в научную работу, систематизируя свои записи двух полярных экспедиций. Есть мнение, что занялся он этим исключительно из чувства вины перед другим величайшим исследователем Арктики – адмиралом Макаровым, план которого по спасению экспедиции барона Толля был отвергнут в пользу плана Колчака, но экспедицию, тем не менее, спасти так и не удалось. Пусть так. Но материалов-то оказалось столько, что для изучения их при Академии наук была создана специальная комиссия, работавшая с ними вплоть до 1919-го года! Самим же Колчаком до начала I Мировой войны на их основе было составлено несколько географических и климатических таблиц, издано более десятка монографий, написано множество статей…
В 1906-ом году Колчак приглашается принять участие в работе воссоздаваемого Главвоенмора – Главного Морского штаба. Вы вдумайтесь: не штабс – обер-офицер всего навсего! Лейтена-а-ант!.. И, не имея академического образования и не будучи в списках офицеров, причисленных к Генеральному Штабу, Колчак параллельно приступает к преподавательской работе в Морской Николаевской Академии!!! Лекции его вызывали такой потрясающий интерес, что его наперебой стали приглашать выступить в офицерских собраниях флотских частей и соединений. А после публикации в «Морском сборнике» его статьи «Какой нам нужен флот» Колчак был приглашён для прочтения доклада на заседание Государственной Думы. Эффект от него был совершенно непредсказуем – лейтенант Колчак стал постоянным членом думской комиссии по обороне, не будучи её депутатом!
Задачи перед флотом стояли чудовищные по сложности – в русско-японской войне Россия потеряла львиную долю своих боевых кораблей из состава Балтийского, Черноморского и Тихоокеанского флотов, входивших в состав эскадр под командованием адмиралов Рожественского, Небогатова, Макарова и сменившего его после его гибели адмирала Алексеева. Лучших, смею сказать, кораблей – кораблей, сумевших успешно преодолеть путь от Кронштадта и Севастополя и аж до самого Порт-Артура.
Всё это необходимо было воссоздавать. И именно планирование и организация воссоздания морской мощи империи и выпали на долю лейтенанта Колчака. В немалой степени благодаря и его стараниям на российских стапелях были заложены линкоры типа «Севастополь», дредноуты типа «Измаил», легендарные, не имевшие аналогов во всём мире эсминцы типа «Новик», качественно новые подводные лодки. Флотский историк Хандорин утверждает, что «все линкоры, половина крейсеров и треть эсминцев советского Военно-морского флота, в 1941-ом году вступившего в Великую Отечественную войну, были построены именно по этой программе»…
