«Опровержение» послужило причиной яростных религиозных войн, бушевавших в Европе с перерывами более столетия. Почти пол-Европы вырвалось из под влияния католической церкви. Для борьбы с «ересью» по инициативе неистового фанатика Игнатия Лойолы в 1540 г. был создан орден иезуитов, по сути, военная монашеская организация, которую Папа благословил использовать любые средства в борьбы с еретиками. Через два года в Риме образовался Центральный трибунал Святой инквизиции.
В этой борьбе Отто Оттгейнрих становится на сторону Реформации, принимает протестанство, в знак чего строит в 1542 г. на территории западного крыла дворца протестантскую церковь, первую, как отмечают некоторые источники, в Германии.
В молитвенных домах протестантов в отличие от католиков не должно быть богатого убранства, роскошных алтарей, образов святых и их статуй. Один из постулатов протестантизма гласит: «Не делай себе кумира и никакого изображения того, что на небе вверху, и что на земле внизу, и что в воде ниже земли; не поклоняйся им и не служи им». Но Оттгейнрих был Виттельсбахом, которым от роду свойственна тяга к красоте, и поэтому потолок в церкви украшен фресками на религиозные темы, среди которых главная – Вознесение Христа. Стиль trompe l’oeil, в котором Ганс Бокбергер-старший выполнил роспись, позднее стал очень популярен в Европе. Сегодня замковая церковь Нойбурга – его главная достопримечательность – старейшая их сохранившихся в Германии протестантских церквей.
В 1543 г. для пфальцграфа наступает полоса испытаний. В апреле умирает любимая жена Сюзанна. Вслед за этим скорбящему супругу начинают предъявлять иски кредиторы. После бухгалтерской ревизии выясняется, что долги превышают 1 млн гульденов. В основном это были деньги, которые пошли на строительство дворца.
Тем временем междоусобица в Европе продолжается. В 1546 г. Нойбург занимают войска императора. За поддержку Реформации он отправляет Оттгейнриха в ссылку. Место, правда, было выбрано удобное, замок Гейдельберг, который принадлежал дяде «вероотступника».
Ссылка длилась около 10 лет. За эти годы позиции протестантов в Баварии укрепились, и в 1556 г. Отто Оттгейнрих становится курфюрстом Пфальца. На этом посту он пробыл всего три года, которые были заняты больше борьбой с собственными болезнями, к этому времени Оттгейнрих весил около 200 кг. В 1559 г. в возрасте 57 лет он покинул этот мир.
Спустя столетие по распоряжению Филиппа Вильгельма, еще одного герцога из Нойбурга, над восточным крылом дворца, были возведены две красивые башни, придавшие особую элегантность архитектурному облику здания. Тогда же в этой его части появились шесть любопытных помещений в виде своеобразных гротов, отделанных в барочном стиле морскими раковинами, цветным стеклом, древесной корой и туфом.
Сегодня в восточном крыле дворца размещается Государственная галерея фламандской живописи (Flaemische Barock-malerei), в которой представлено около 150 картин. Среди них прекрасные коллекции работ Петера Пауля Рубенса, Антониса Ван Дейка и Яна Брейгеля Младшего.
В замке также находится музей – филиал мюнхенского Археологического собрания древней истории.
Каждые два года в Нойбурге в конце июня – начале июля проходит «Фестиваль замка» (Schlossfest), во время которого проводится историческая ярмарка.
А зимой здесь организуются заплывы немецких «моржей» по Дунаю.
