Как никогда остро встали вопросы о сбережении боевого флота и об организации снабжения базы таким образом, чтобы свести к минимуму потери от вражеских самолетов. Приказом командующего Черноморским флотом от 14 ноября 1941 г. кораблям предписывалось выходить из Севастополя только в ночное время. Корабли, выходящие из портов Кавказского побережья, должны были так рассчитать время, чтобы прибыть в Севастополь к рассвету. Для встречи кораблей на подходе к базе выделялись тральщики охраны. В целях сохранности тоннажа предписывалось ограничить число находящихся одновременно в порту транспортников до пяти-шести единиц, используя наиболее быстроходные[418].
В соответствии с директивой Ставки ВГК от 16 ноября базой для подачи воинских грузов в Севастополь устанавливался Новороссийск. Планирование и организация проводок транспортов были поручены штабу флота во главе с И.Д. Елисеевым. На нужды военных перевозок было привлечено 74 сухогрузных и 16 нефтеналивных транспортных судов. Техническое состояние большинства из них требовало ремонта, тогда как основные судоремонтные предприятия были потеряны в Николаеве, Одессе и Херсоне. Удалось спасти лишь часть оборудования в портах Кавказа, но создать полноценные ремонтные заводы там не удалось. Первоочередному ремонту подлежали военные корабли. Поврежденные транспорты ремонтировались в спешном порядке или вовсе выводились из эксплуатации. Вооружение суда если имели, то слабое – пулемет или пушка 45 мм. Для защиты перевозок применялся метод конвоирования транспортов, составляющих небольшие группы до трех единиц. В особых случаях формировались крупные конвои. Однако кораблей, способных нести охрану конвоев, не хватало, и часть транспортных судов перемещалась самостоятельно. Число таких случаев было особенно велико в декабре – до 30 % от общего количества перевозок. На подходах к Новороссийску и Севастополю действовали тральщики, велся дозор и поиск мин, подводных лодок.
В ноябре Севастополь принял 178 судов, в декабре – 161. С их помощью в город было перевезено 33 492 человека, 26 танков, 346 орудий и минометов, 4763 т боеприпасов, 3096 т горючего. Частичная эвакуация из Севастополя составила за это время 17 042 человека гражданского населения. Было вывезено также 15 531 раненый и 12 450 т оборудования[419].
20 декабря, в связи с подготовкой Вермахтом нового наступления, командующему флотом Ф.С. Октябрьскому, занятому с 10 декабря на Кавказе подготовкой десантов на Керченский полуостров, было приказано немедленно возвратиться в Севастополь. Согласно директиве Ставки ВГК СОР вошел в подчинение командованию Закавказского фронта, что способствовало существенному упрощению решения вопросов снабжения. На базу флота были возвращены крейсера «Красный Кавказ» и «Красный Крым», лидер «Харьков», эскадренные миноносцы «Незаможник» и «Бодрый», отправленные из Новороссийска. Вместе с ними в осажденный город была доставлена 79-я морская стрелковая бригада под командованием полковника А.С. Потапова. Благодаря ее усилиям защитникам удалось вернуть утраченные позиции в районе Макензиевых Гор.
Усиление гарнизона новыми частями привело к переносу сроков осуществления запланированных десантов на Керченский полуостров, но при этом способствовало удержанию города во время декабрьского штурма, чему, как и в ноябре, придавалось большое значение. 23–24 декабря в город были переправлены морем 345-я стрелковая дивизия, отдельный танковый батальон, доставлены боеприпасы. 29 декабря на базу флота линкором «Парижская коммуна», крейсером «Молотов» и двумя эсминцами были доставлены новые боеприпасы и пополнение. Корабли в течение дня вели огонь по позициям противника. Во время второго, декабрьского штурма в огневой поддержке войск участвовали 17 кораблей, проведших 222 стрельбы, израсходовав 6293 снаряда
