Одновременно противником обстреливалась Вольная Гавань. Один из снарядов попал в минный склад, не вызвав никаких последствий. Кладовщик минного склада – старшина-минер сверхсрочник, поддавшись общему впечатлению от огневого налета и бомбардировки, так же без всякого разрешения взорвал минный склад, что без всякого вмешательства допустил находившийся в Вальной гавани Командир дивизиона пограничных судов – Капитан-лейтенант ФЕНОЧКО и мало того, считая все эти взрывы за отход – вместе с командиром ОХРа Капитаном 3-го ранга СВИРС ушли в ВИНДАВУ самостоятельно.
После взрыва кораблей была выпущена из ЛИБАВЫ ПЛ С-3 (ПЛ С-3, ввиду неисправности систем погружаться не могла), около 2-х часов ночи 25.06 на траверзе маяка УЖАВЫ была атакована и утоплена немецкими ТКА».
Между тем в подрыве кораблей роковую роль сыграло название эсминца – «Ленин». Клевенский особо предупредил Афанасьева, что эсминец, носящий имя вождя мирового пролетариата, ни в коем случае не должен попасть в руки врага. В случае возникновения такой угрозы ему было приказано действовать по Корабельному уставу, в связи с чем надлежало заблаговременно проверить организацию и расписание подрыва надводного корабля и подводных лодок.
По прибытии после оставления Лиепаи в штаб Балтийского флота в Таллине, Клевенский подал Трибуцу докладную записку, в которой всю вину за уничтожение эсминца «Ленин» возложил на Афанасьева: «Командир эсминца “Ленин”, приняв отходящие в беспорядке части за непосредственную угрозу кораблю, не доложив об этом на КП и не приняв никаких мер не только к обороне, но и по выяснению элементарной обстановки, взорвал миноносец “Ленин” и отдал приказ взорвать подводные лодки».
О том, в какой обстановке он принимал решение о затоплении корабля, Афанасьев в суде рассказал так: «К восьми часам вечера [23 июня] открылась стрельба. Она все приближалась к заводу “Тосмаре”, около которого мы стояли. Я увидел, что наша пехота в беспорядке отступает. Я решил все подготовить к взрыву миноносца. Стрельба все усиливалась. Танкетки противника каждую минуту могли прорваться в город. Стрелять я не мог, так как не было угла обстрела… Рядом стоящие подводные лодки получили приказание от командира бригады [подводных лодок] подготовиться к взрыву. Я видел, что с подводных лодок люди выгружаются и готовятся к взрыву. Посоветовавшись с командирами “Спидолы” и “Рониса” [подводные лодки бывших военно-морских сил Латвии, за которыми в советском ВМФ сохранились прежние названия], я решил миноносец взорвать… Утром капитан 1-го ранга Клевенский меня предупредил, что ни в коем случае миноносец не сдавать в руки немцам». Афанасьев также утверждал в суде, что перед взрывом посылал к Клевенскому офицера Чеботарева, который погиб при обороне Лиепаи, с просьбой уточнить указания по поводу уничтожения эсминца, на что командир базы ответил: «Действовать по обстановке». 19 июля 1941 года Афанасьев был приговорен к расстрелу. Расстреляли Юрия Михайловича только 29 июля. 19 мая 1956 года все обвинения против него признали несостоятельными и посмертно реабилитировали. Было решено, что капитан-лейтенант действовал правильно, поскольку у недоремонтированного эсминца не было шансов благополучно уйти из Лиепаи.
24 июня было произведено перераспределение участков обороны. Согласно отчету Клевенского, структура обороны выглядела теперь следующим образом:
