После в своих воспоминаниях Николай Степанович отметит, что, к великому сожалению, «… блестящий опыт тайной разведки мирного времени был сведён почти на “нет” во время войны…». Аналогичное положение складывалось и по линии борьбы со шпионажем. «Весь почти первый год войны контрразведкой никто из высших военных органов не интересовался совсем, и потому она велась бессистемно, чтобы не сказать спустя рукава», – подводит печальный итог Батюшин.
Но успехи были, причём не только в борьбе со шпионажем. В середине 1916 года генералу Батюшину в срочном порядке поручается выполнение государственных задач особой важности, связанных уже с внутренними врагами. К таким был причислен ряд финансовых воротил, нагло обирающих страну. Их обширные связи вели к самой императрице и её фавориту Григорию Распутину.
Первым в разработку контрразведки попал ближайший сподвижник Распутина банкир Дмитрий Рубинштейн. Он подозревался во многих грехах: в связях с немецким капиталом, в финансовых операциях в его пользу, в дискредитации рубля, в спекуляции хлебом на Волге и других. Но самым громким делом стало так называемое дело о сахарозаводчиках. Поводом для расследования комиссией, созданной Батюшиным из квалифицированных офицеров контрразведки, явилось исчезновение с российского внутреннего рынка сначала сахара, затем хлеба и других предметов первой необходимости.
Батюшин добился ареста Митьки (таково было прозвище Рубинштейна), у которого при обыске, кстати говоря, был обнаружен секретный документ штаба Третьей армии. Но Февральская революция спутала все карты. Двадцать восьмого февраля Митька Рубинштейн был освобождён из тюрьмы «восставшим народом», как писали газеты того времени.
Новоявленные демократы февраля решили поквитаться не только с царём, но и с его министрами и верными ему людьми. Поэтому восьмого апреля в Петрограде арестован был уже сам Батюшин.
Но глава разведки и контрразведки не был бы таковым, если бы не сумел бежать. В ноябре 1917-го после отъезда из революционного Петрограда Батюшин оказался в одном из городов Крыма, где работал простым почтовым служащим. Затем он вступил в ряды Добровольческой армии, но быстро понял, что у Белого движения нет никаких перспектив, а идеи большевиков овладевают широкими народными массами. Ему, ярому монархисту, человеку принципиальному, трудно было ужиться с такими, как Деникин, Алексеев, Врангель и другие либерально настроенные деятели Белого движения. И белые, в свою очередь, не любили монархистов, особенно тех, кто служил в жандармерии, тайной полиции, контрразведке. И ещё: профессионал Батюшин быстро выяснил, что поставками в Белую армию занимаются те же нечестные на руку люди, против которых несколько лет назад работала его комиссия.
И генерал-майор Батюшин принял непростое для себя решение эмигрировать в Югославию. Он эмигрировал, не дожидаясь разгрома Белой армии в Крыму. Из писем жены он знал, что сын его воюет в Красной армии. Разве мог он воевать против своих детей?
За границей Николай Степанович занимался общественной деятельностью и литературным трудом; в эмигрантских организациях не состоял. Он тайно переписывался с женой до 1937 года. Волна жесточайших репрессий и страх за судьбу родных и близких заставили прекратить переписку навсегда.
В 2004 году к 130-летию со дня рождения Батюшина его прах было решено перевезти в Россию и перезахоронить. Фонд помощи ветеранам и сотрудникам ФСБ дал деньги, зафрахтовал самолёт.
