Наступил зимний период 1920 г. Красные части, не имевшие возможности во время своего стремительного наступления наладить вопросы тыла, были принуждены оставить часть занятой территории, отойдя на линию Ширабад – Гузар.
Намечалась экспедиция в горную часть для дальнейшего и окончательного очищения Бухары от басмачества, но она требовала серьезной организации и подготовки, на это ушло время до весны 1921 г.
К началу февраля 1921 г. наши части закончили сосредоточение и 15-го числа было начато наступление на Денау через ущелье Банды-Хана в обход горных перевалов. Шедший во главе колонны 1-й Туркестанский кавполк, сделав за два дня пробег в 120 верст, налетел на сосредоточенные у Байсуна силы эмира и лихой атакой выбил противника из города. Разбитые части басмачей бежали в северо-восточном направлении.
Через Юрчи, Сары-Ассия, Каратаг и Гиссар красные бойцы 21 февраля подошли к Душанбе. Эмир, находившийся в нем (до 20 февраля), бежал с частью отряда через Бальджуан в Куляб. Большая же часть басмачей отошла на Курган-Тюбе. Преследуя эмира, наши части заняли Файзабад и Курган-Тюбе, а 15 марта и Куляб.
Эмир скрылся в Афганистане, но борьба с его шайками продолжалась. 1-й Туркестанский кавполк, ликвидируя остатки приверженцев эмира в Каратегине, прибыл в Гарм, преодолев на своем пути ряд снежных горных перевалов.
Шайки противника, рассыпавшись, продолжали налетами беспокоить наши части и грабить мирное население. В начале мая вспыхнуло восстание в районе Бальджуан – Куляб. Борьба с восставшими была сопряжена с величайшими трудностями. Приходилось пробираться по горным тропинкам, по отвесным кручам. Решающий бой разыгрался на линии бурной и опасной реки Вахш. Переправу через эту реку пришлось проводить на козьих мехах, надутых воздухом («гупсары»), под огнем противника, засевшего на противоположном берегу. Эти трудности не могли сломить порыва красных кавалеристов, и они, перебравшись, выбили басмачей с их скалистой позиции.
Не успели красные части ликвидировать Кулябское восстание, как в Каратегине вспыхнул мятеж, руководимый Ишан-Султаном и Максум-Файзуллой. Походом в Дарваз по неприступным скалистым тропинкам и балконам, боями у Бальджуана, борьбой с басмачами Гузарского района и с целым рядом других шаек заканчивается период изгнания эмира из Бухары. Гиссарская экспедиция (общее название этой операции) была первой попыткой красных частей проникнуть в горную Бухару. За это время бойцы показали беспримерную выносливость и энергию, наравне с неослабным стремлением добить врага.
В то же время эта экспедиция выявила целый ряд организационных недочетов, а равно и неналаженность снабжения и транспорта; кроме того, сказалась недостаточная подготовка бойцов для работы в горной обстановке.
Части экспедиционного корпуса, в силу оторванности от базы, плохих дорог, неналаженности снабжения и отсутствия дензнаков, вынуждены были жить реквизицией. Это вызвало недовольство жителей, которым воспользовались эмиссары эмира, беки и муллы, поднявшие народ против русских. Восстанию коренного населения сильно способствовало влияние панисламистов, сторонников Афганистана. Все это повело к развитию бандитизма и к целому ряду восстаний в Восточной Бухаре. Недостаток питания, большие потери в боях и от малярии вынудили командование в сентябре постепенно отводить части экспедиционного корпуса в район Душанбе для отдыха и приведения в порядок. Но и здесь войска оказались в чрезвычайно тяжелом положении в отношении продовольствия и размещения.
