Украинская Директория 17 ноября заключила соглашение с немецким командованием о нейтралитете немецких войск, за что им был обещан беспрепятственный уход с Украины. Гетману же был предъявлен ультиматум о капитуляции. 20 ноября газета «Киевская мысль» сообщала: «Освобожденный недавно из тюрьмы по приказу гетмана Петлюра… поднял на Украине восстание против законной власти. С этой целью он занял города Белая Церковь и Бердичев и двинулся с приставшими к его отрядам бандами большевистской черни на Фастов и Киев». Правительство Скоропадского, которое на Украине практически никто не поддерживал, лихорадочно заметалось, пытаясь достичь соглашения с кем угодно: с немцами, Антантой, большевиками, Директорией или, наконец, с Добровольческой армией, поскольку в Киеве осело немало офицеров русской армии, сочувствовавших белым.
В последний момент гетман начал формировать добровольческие части из офицеров в безнадежной попытке отразить наступление на Киев армии Директории. В связи с этим Булгакову впервые пришлось принять непосредственное участие в Гражданской войне. В последний день гетманства Скоропадского, 14 декабря, он был то ли мобилизован в армию Скоропадского, то ли пошел в офицерские и юнкерские формирования в качестве военного врача добровольно. Татьяна Николаевна в разное время по-разному вспоминала об этом. Как свидетельствуют мемуаристы, в частности писатель Роман Гуль, гетман действительно издал приказ о мобилизации офицеров еще в ноябре, когда стал ясен скорый крах Германии в результате начавшейся революции, однако откликались на эту мобилизацию лишь те, кто реально хотел противостоять Петлюре и питал надежду потом присоединиться к Деникину. Очевидно, среди них был Булгаков вместе с некоторыми своими друзьями гимназических и студенческих лет.
Т. Н. Лаппа вспоминала: «Пришел Сынгаевский (Николай Сынгаевский, гимназический приятель Булгакова, прототип Мышлаевского в „Белой гвардии“ и „Днях Турбиных“. – Б. С.) и другие Мишины товарищи и вот разговаривали, что надо не пустить петлюровцев и защищать город, что немцы должны помочь… а немцы все драпали. И ребята сговаривались на следующий день пойти. Остались даже у нас ночевать, кажется. А утром Михаил поехал. Там медпункт был… И должен был быть бой, но его, кажется, не было. Михаил приехал на извозчике и сказал, что все кончено и что будут петлюровцы».
Сам Булгаков дважды отразил свое участие в защите города от петлюровцев – в рассказе 1922 года «Необыкновенные приключения доктора» и в романе «Белая гвардия», писавшемся в 1922–1924 годах. В рассказе события описаны так: «Меня мобилизовала пятая по счету власть (правительство Скоропадского действительно было в Киеве пятой по счету властью, если первой считать Временное правительство, здесь Булгаков абсолютно точен. – Б. С.)… Пятую власть выкинули, а я чуть жизни не лишился… К пяти часам дня все спуталось. Мороз. На восточной окраине пулеметы стрекотали. Это „ихние“. На западной пулеметы – „наши“. Бегут какие-то с винтовками. Вообще – вздор. Извозчики едут. Слышу, говорят: „Новая власть тут…“
„Ваша часть (какая, к черту, она моя!) на Владимирской“. Бегу на Владимирскую и ничего не понимаю. Суматоха какая-то. Спрашиваю всех, где „моя“ часть… Но все летят, и никто не отвечает. И вдруг вижу – какие-то с красными хвостами на шапках пересекают улицу и кричат:
