Процессы планирования, оценки и контроля являются ключевыми для всех управленческих действий, причем важнейшей проблемой в инженерии SoS является недостаточное управление процессами составляющих систем (особенно для общепризнанных и коллаборативных SoS) со стороны организации, ответственной за SoS. Движимая собственными организационными требованиями, каждая из составляющих систем может иметь график развития или обновления, который отличается от графиков других составляющих систем. Организация, ответственная за SoS, должна планировать комплексный жизненный цикл, который признает самостоятельное внесение изменений в составляющие системы, в дополнение к инициированным SoS изменениям в жизненном цикле. Это часто включает в себя определение устойчивых промежуточных форм в эволюции SoS с приростом возможностей, добавленных из составляющих систем.
Технические процессы (в т. ч. определение архитектуры и проекта, процессы комплексирования, верификации, передачи, валидации, функционирования, сопровождения, изъятия и списания) реализуются и для SoS и для составляющих систем, причем в ряде случаев реализация SoS осуществляется скорее посредством управления процессами составляющих систем, чем процессами SoS в целом. Определение потребностей и требований заинтересованных сторон сосредоточено на верхнем уровне SoS, но с учетом того, насколько несовместимые потребности заинтересованных сторон для отдельных систем могут привести к ограничениям на SoS в целом.
