Семилетнее правление царя Бориса (1598—1605) оказалось несчастливым. По свидетельствам современников, находясь на престоле, он «не царствовал, но болезновал». Недуги настолько одолевали Годунова, что последние пять лет своего царствования он почти не покидал Кремлевского дворца, а когда все же выходил к народу, то все замечали, с каким трудом он ходит, подволакивая ногу. Но дело было не только в состоянии здоровья царя. Народ его невзлюбил, считая главным виновником смерти царевича Дмитрия, а знать разделилась на несколько враждующих группировок, каждая из которых желала видеть на троне своего ставленника. Именно в недрах боярского заговора и готовилось «тайное оружие» против Годунова – самозванец Гришка Отрепьев, бывший холоп Романовых, присвоивший себе имя убиенного сына Ивана Грозного. Узнав о тайных замыслах облагодетельствованных им коварных родственников, царь Борис начал расправу. В ночь на 26 октября 1601 года стрельцами был подожжен дом бояр Романовых. Федора Никитича заключили в Антониево-Сийский монастырь неподалеку от Холмогор и насильно постригли в монахи. Почти все ближайшие слуги Романовых были казнены.
Но и после репрессий народная молва продолжала полниться слухами о том, что царевич якобы жив и скоро вернется в Москву, чтобы занять престол. Это создавало неспокойную политическую обстановку в стране, которая вскоре усугубилась тяжелым экономическим положением: в 1601—1603 годах в результате неурожая Россию постиг большой голод и моровая язва, унесшие до трети населения, внутренние области обезлюдели, народ обнищал и не мог платить податей, государственная казна была пуста. Чтобы накормить народ, Годунов велел открыть царские житницы и продавать хлеб по низкой цене. Но богачи тут же стали скупать его и спекулировать, а люди по-прежнему продолжали умирать от голода. На фоне этих трагических событий, словно из смрада гниющих мертвых тел, и возникла зловещая тень царевича Лжедмитрия I.
Появление этого самозванца было опасно не только тем, что его поддерживала часть русских бояр, но и Речь Посполитая, стремившаяся расширить свою территорию за счет русских земель. Польский король Сигизмунд III сразу же признал Лжедмитрия I русским наследником. За обещание ему Смоленска и Северской земли, а также за введение в Московском государстве католицизма он неофициально разрешил всем желающим помогать «царевичу». И уже 13 октября 1604 года возглавляемые Лжедмитрием I польские отряды вступили в пределы Московского государства. В условиях возрастающего народного недовольства, даже несмотря на серьезные поражения самозванца от правительственных войск, удача сопутствовала ему, и русский царь уже не мог совладать с надвигающейся интервенцией.
13 апреля 1605 года Борис Годунов внезапно скончался. По поводу его скоропостижной смерти по стране сразу же поползли самые разные слухи. Говорили, что он то ли упал с трона во время официального приема, то ли принял яд от безысходного положения в войне с поляками. Но исторические источники описывают его кончину совсем иначе: «Царю Борису, ставши из-за стола после кушанья, и внезапну прииде на него болезнь люта, и едва успе поновитесь и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Учитывая стремительность развития недомогания и то, что перед кончиной у Годунова открылось кровотечение и отнялся язык, историки склоняются к мнению о том, что он был отравлен.
