Прошло почти семь лет после того, как Мария в последний раз видела мать. Несмотря на тесную связь между ними, юная королева эмоционально и политически стала зависимой от родственников из семьи Гизов. В этом были и позитивные, и негативные стороны. Антуанетта де Бурбон и Анна д’Эсте искренне любили Марию; они были ее ангелами-хранителями. Дяди же, наоборот, оставались бесстрастными и отстраненными. Несмотря на внешнюю мягкость и доброжелательность, они могли проявлять безразличие и даже жестокость. Для них Мария была ценным династическим активом, который следовало использовать, а не приемной дочерью, которой требовалась любовь. В этот период она больше всего ценила своего дядю Шарля, который, будучи блестящим придворным и дипломатом, вечно строил грандиозные планы и был склонен переоценивать себя, и его богатое воображение рождало все новые и новые интриги.
Истинный масштаб обмана, на который пошли Гизы перед свадьбой Марии, раскрылся только через сто лет, при Людовике XIV, когда были обнаружены тайные документы. Но это не означает, что представители шотландского парламента ничего не подозревали, поскольку тоже присутствовали на свадьбе Марии и были приглашены на банкет, где наблюдали процессию кораблей со всей ее символикой. Единокровный брат Марии, лорд Джеймс Стюарт, которому в то время уже исполнилось двадцать семь, стоял в толпе перед собором Парижской Богоматери и видел церемонию бракосочетания своей сестры. Все происходящее ему не нравилось, отчасти потому, что многие его друзья принадлежали к узкому кругу ссыльных шотландских и английских протестантов, которые обосновались в Париже; им была ненавистна сама мысль о присутствии французских (католических) войск в Шотландии, и они жаждали изгнать иностранных солдат из своей страны.
Впоследствии протестанты обвиняли Марию и ее семью в заговоре с целью убийства восьми шотландских посланников на пути домой. Четверо шотландцев умерли от загадочной болезни еще до того, как вернулись на корабли, и поэтому обвинение в отравлении напрашивалось само собой. Однако никаких доказательств этого заговора не существует: в письмах к матери Мария с уважением отзывалась об умерших посланниках и отмечала эпидемию чумы, в то время опустошившую Францию, особенно в окрестностях Амьена и портов на побережье Ла-Манша.
Более правдоподобным выглядит рассказ о том, что кардинал Лотарингский убеждал посланников передать Франции «имперскую корону» Шотландии (ту самую, которой Мария короновалась в Стирлинге). Он хотел, чтобы корона хранилась в аббатстве Сен-Дени, в королевском некрополе, одном из самых священных мест Франции. Главный принцип династического плана Гизов заключался в том, что любой дофин будет королем Шотландии вне зависимости от того, останутся у Марии наследники или нет, и подчиненное положение страны сохранится навечно.
Никто в Шотландии об этом не знал. Свадьбу Марии отпраздновали в Эдинбурге кострами и шествиями, а когда вернулись четыре оставшихся в живых посланника, парламент по собственной воле предложил дофину «брачную корону»; это была высочайшая честь и самое большое достижение Марии де Гиз как регента, поскольку Франциск становился законным королем Шотландии с перспективой коронации в Стирлинге. Это звание предполагало, что у него есть право сохранить трон для династии Валуа, если у Марии не будет детей.
