Мария потребовала свежих подкреплений для Шотландии, но прежде чем войско успело отплыть, Филипп II объединился с Екатериной Медичи, чтобы раз и навсегда ограничить власть Гизов. 6 июля после переговоров, продолжавшихся целый месяц, был подписан Эдинбургский договор. Задумывавшийся как дополнение Като-Камбрезийского договора, он получился совсем другим. Формально заключенный между Англией, Шотландией и Францией, в действительности он урегулировал отношения Англии, лордов конгрегации и Гизов, при посредничестве специального посла Филиппа.
Условия договора означали полную поддержку Англии и мятежных лордов, и предательство Марии и ее матери. Франция признала Елизавету законной королевой Англии, полностью разрушив политику де Гизов. Претензии Франциска и Марии на английский престол должны быть отозваны. Французские войска немедленно покидают Шотландию, а их крепости и гарнизоны надлежит сровнять с землей. В отсутствие правящей королевы, Марии, официальным правительством Шотландии станет совет, состоящий из аристократов, что делало его орудием честолюбивых стремлений лорда Джеймса. Более того, Франциск и Мария должны были согласиться, что Елизавета всегда играла роль беспристрастного посредника, незаинтересованного наблюдателя, который всего лишь помог создать подходящие условия для заключения договора, а не прямого участника военных действий, который заключил союз с мятежниками, чтобы продвигать интересы Англии в Шотландии. Это была пощечина Марии, полученная от своих.
Но и это еще не все. Последняя статья договора включала положения, которые можно было назвать положениями об исполнении. Несмотря на унизительные условия договора, Франциск и Мария должны были пообещать ратифицировать и исполнять все его пункты, а при нарушении договора Англия могла вновь вторгнуться в Шотландию, если посчитает это необходимым для поддержания протестантской веры и избавления Британских островов от католицизма и французского влияния.
Эдинбургский договор, и особенно последняя статья, был настоящим издевательством. Он черной тенью лег на всю жизнь Марии и на ее отношения с Елизаветой и Сесилом. Значение его невозможно переоценить. С Франциском и Марией не только не советовались относительно условий – Мария как королева Шотландии даже не давала согласия на переговоры с Елизаветой и Сесилом. Поручение от имени Марии и ее мужа было, по всей видимости, составлено в Эдинбурге. Но документ подготовили ее дяди: Мария не давала никакого распоряжения, а ее мать не являлась стороной договора. Это иллюстрирует масштабы узурпации ее суверенитета. Мать королевы Марии обойти было несложно, поскольку она умерла 11 июня 1560 г., вскоре после начала переговоров. Сесил и лорд Джеймс могли устроить все, что нужно, не обращая внимания на законную суверенную власть в Шотландии.
Мария тяжело переживала смерть матери. Но даже эту новость бессердечные родственники от нее скрыли: известие пришло во Францию 18 июня, но держалось в тайне целых десять дней. Узнав о смерти матери, Мария удалилась в свою комнату и проплакала целый месяц. Когда Джейн Дормер, одна из бывших фрейлин Марии Тюдор, вышедшая замуж за посла Филиппа II в Лондоне и направлявшаяся в Испанию, увидела ее, то была глубоко тронута ее горем. Венецианский посол, также ставший свидетелем ее траура, писал, что она «удивительно сильно любила мать». Она так горевала, что «страдания ее были непрерывными».
