С. А. Авакьян – один из ведущих ученых-правоведов; автор фундаментальных исследований в области конституционного и муниципального права. Ряд книг и статей С.А.Авакьяна носит основополагающий характер для раскрытия природы конституционно-политических институтов, особенно в современной России.
С. А. Авакьян – автор более 320 публикаций, из них 264 – научные работы. Общий объем публикаций более 1000 печатных листов. В их числе: фундаментальный двухтомный курс конституционного права России (4 издания), 8 монографий, 10 научных брошюр, 12 глав в коллективных монографиях, 166 научных статей. Участвовал в написании ряда комментариев законов, справочников, энциклопедий, в том числе, энциклопедического словаря по конституционному праву (ответственный редактор и соавтор), учебно-методические пособий, практикумов по конституционному праву России и др. 16 работ опубликовано на иностранных языках – английском, болгарском, венгерском, голландском, итальянском, немецком, польском, узбекском, чешском.
Наиболее значимые публикациипоследних лет: «Политический плюрализм и общественные объединения в Российской Федерации: конституционно-правовые основы» (М., 1996); «Федеральное Собрание – парламент России» (М., 1999); «Конституция России: природа, эволюция, современность» (М., 1997, 2000); «Конституционное право. Энциклопедический словарь» (автор, руководитель авт. коллектива) (М., 2000); «Библиография по конституционному и муниципальному праву» (М., 2002; М., 2007); «Россия: гражданство, иностранцы, внешняя миграция» (СПб., 2003); «Конституционное право России» в 2-х т. М., 2005, 2006; 2008; 2010; «Муниципальное право России». М., 2009 (в соавт.); «Конституционно-правовой статус политических партий в России» (М., 2011) и др.
Монография «Конституция России: природа, эволюция, современность», вышедшая двумя изданиями в 1997 и 2000 годах, стала на первым обобщением конституционной истории нашего государства и опыта современного российского конституционализма. В ней дан всесторонний анализ Конституции Российской Федерации 1993 г., исходя из теории конституции. Автор рассматривает основные этапы конституционного развития России, а также подготовки и принятия Конституции РФ, рассуждает о проблемах ее действия, авторитета и охраны. Работа удостоена премии им. А. Ф. Кони Российской академии наук за 2003 г.
Монография С. А. Авакьяна «Политический плюрализм и общественные объединения в Российской Федерации: конституционно-правовые основы» – первое в России исследование политического и идеологического многообразия, многопартийности как одной из закрепленных в Конституции РФ 1993 г. основ российского конституционного строя. Данная тема нашла продолжение в монографическом исследовании 2011 года «Конституционно-правовой статус политических партий в России», отражающем современное состояние развития политических партий в Российской Федерации, в том числе их влияние на функционирование законодательной власти, федеральной президентской власти и исполнительной власти в субъектах Российской Федерации. Автор рассматривает конституционно-правовые вопросы политического и идеологического многообразия в современной России, многопартийности, оценивает действующее законодательство о политических партиях, их прав и обязанностей, материально-финансового положения, взаимодействия партий и государства и др.
