Складывается впечатление, что тенденцией в государственной церковной политике XVIII—XX вв. было ограничение единовластия епископов. Но и в этих условиях епископат сумел отстоять свое положение под напором государственной власти, более того, иногда ему удавалось даже укрепить свою позицию.
Вплоть до конца синодального периода «Духовный регламент» официально сохранял силу. В этом документе имеется специальный раздел, посвященный «делам епископов», который содержит 15 правил по управлению епархиями, взаимодействию с подчиненным духовенств, о епархиальном суде и т. д. В этом разделе подчеркивается, что епископы подлежат юрисдикции Святейшего Синода. Правящему архиерею редписывалось ежегодно предоставлять два отчета о состоянии епархии, о неотложных делах необходимо было докладывать особо. Кроме «Духовного регламента» основополагающими руководящими документами для епархиальных управлений являлись указы Святейшего Синода (которые часто издавались по особому повелению императора). Устав духовных консисторий содержал точные укзания об управлении консисториями. В нем также говорилось, что главное лицо в консистории – секретарь, хотя он и назначается Святейшим Синодом, но подчиняется обер-прокурору. Поэтому обер-прокуроры имели сильную и независимую от епископа опору в епархиальных управлениях. В царствование Николая I было издано особенно много указов Святейшего Синода, причем касались они не только частных случаев, но и вопросов церковного управления.
С XVIII в. в некоторых епархиях появляются викарии. Хотя первый викарий с титулом Корельского и Ладожского был назначен в 1685—1690 гг. в Новгородской епархии. Позднее викарии назначались крайне редко в различных епархиях. И только в 1865 г. Святейший Синод получил высочайшее разрешение открывать викариатства там, где на это есть средства. В 1917 г. на территории России имелось 70 викариев. Викарные архиереи, которые были титулярными епископами, т. е. не имели епархий, в XIX в. по традиции, а с выходом Устава 1911 г. – в силу закона, назначались Ректорами духовных академий.
Все викарии находились в личном распоряжении епископа, которому и подчинялись. Он давал им по своему усмотрению поручения, в редких случаях обязанности викария оговаривались Святейшим Синодом при назначении. Но имелись и такие епархии, где викарии выполняли твердо установленные обязанности.
Находящиеся в подчинении у епископа органы, осуществляющие функции управления и суда, назывались по-разному: Духовный приказ, домовая архиерейская контора, канцелярия (при архиерейском доме) или просто архиерейский дом. В последствии за центральным органом епархиального управления закрепилось название духовная дикастерия или консистория. В 1744 г. вышел указ об учреждении консисторий во всех епархиях.
Год 1841 в истории епархиального управления стал переломным. На утверждение государю обер-прокурором графом Н. А. Протасовым был представлен Устав духовных консисторий. Новый Уставу предоставил единую правовую основу епархиальным управлениям всей Российской империи. Находящаяся под непосредственным руководством епархиального архиерея консистория осуществляла административные и судебные функции. Святейший Синод был высшей инстанцией для консистории. Консистория состояла из белого и черного духовенства и канцелярии (присутствия) которое назначались епископом и в случае необходимости увольнялись Святейшим Синодом. Каждый член присутствия имел свой «стол» (свой круг обязанностей), но решения принимались только на совместных заседаниях. Канцелярия находилась под руководством секретаря, который назначался Святейшим Синодом по предложению обер-прокурора. Фактически секретарь подчинялся непосредственно епископу, но одновременно должен был исполнять и указания обер-прокурора, контролировавшего таким образом ключевой орган консистории. В ведении консистории находились дела по церковному имуществу, дела духовенства и мирян. Дела эти рассматривались коллегиально, решения принимались на совместных заседания, протоколы предоставлялись епископу. Епископ имел право вернуть дело назад. В случае, если к единому мнению прийти не удавалось, окончательное решение оставалось за епископом. Начиная с середины XIX в. епископы оказываются все более перегружены делами консисторий. Вот что пишет митрополит Филарет Дроздов в своих воспоминаниях: «Глаз моих и с очками часто недостает для сего бумажного века». В 1869 г. утверждается новый бюджет (штаты) духовных консисторий, а в 1883 г. появляется и обновленный Устав консисторий.
