В XVIII в. из числа ученых монахов (которые зачастую были также секретарями епископов) назначались экзаменаторы, которые подбирали кандидатов на церковные должности. Таким образом секретарь был не только доверенным лицом, но и связующим звеном с прочими органами управления. До секуляризации в епархиях имелись экономы со штатом служащих по управлению вотчинами. Кроме этого, к архиерейскому дому принадлежали певчие соборного хора, который сопровождал епископа во время объездов им епархии.
В 1775 г. архиепископ (позже митрополит) Московский Платон Левшин издал Инструкцию благочинным приходских церквей. Святейший Синод объявил ее обязательной для всех епархий. Позднее в 1857 г. она была исправлена и дополнена, а в 1892 г. вышла новым изданием. Согласно Уставу консисторий 1841 г., назначение благочинных было делом «усмотрения епархиального архиерея». Произошло разделение епархий на благочиннические округа с 10—30 общинами в каждом. В 60-х гг. XIX в. утвердился было обычай избрания благочинных духовенством, но указ Святейшего Синода от 1881 г. отменил его. Позднее (в 1905—1906 г.г.) были предприняты попытки возобновить выборность благочинных, но они не увенчались успехом. Благочинным предписывалось осуществлять надзор за нравственностью духовенства, за управлением церковным имуществом. Кроме этого благочинные обязаны были два раза в год объезжать приходы своего округа. Благочинные имели право самостоятельно улаживать мелкие дела и налагать наказания за незначительные проступки своих подопечных. О результатах своих объездов благочинные должны были делать подробные отчеты епископу.
В 1865 г. создаются епархиальные ревизионные комитеты по проверке отчетности использования средств консисторий, духовных учебных заведений, церковноприходских школ, братств и попечительств. Такие комитеты создавались из трех членов, назначавшихся епископом из приходского духовенства и преподавателей учебных заведений.
В 1823 г. возникают попечительства о неимущих духовного звания (на основе проекта, разработанного митрополитом Филаретом Дроздовым и утвержденного императором). Начиная с 60-х гг. в епархиях начинают выходить «Епархиальные ведомости».
Основой епархиальной структуры составляли приходские общины (церковные приходы). Связующими звеньями между ними и епископом стали старосты, заказчики, благочинные и духовные правления. От количества приходов зависело финансовое положение епархии. Были епархии, где приходы располагались компактно на небольшом пространстве. В других же епархиях, из-за их больших размеров или наличия чересполосного иноверческого населения, приходы оказывались разбросаны далеко друг от друга. Все это увеличивало разницу в числе приходов отдельных епархий. Для многих епископов объезды епархий в то время были чрезвычайно затруднительны, а иногда по недостаточности средств сообщения почти невозможны. Лишь в XIX в., с улучшением средств сообщения, интерес епископов к приходам стал возрастать. Но возникла новая проблема – чаще стали перемещать епископов с одной кафедры на другую.
В XIX в. сохранилось деление церквей на кафедральные и городские соборы (в уездных городах), приходские церкви и домовые церкви. Кафедральные соборы в принадлежали (и финансировались) к архиерейским домам, но и городские соборы в большинстве случаев также не имели собственных общин. Некоторые городские соборы и храмы получали государственную субсидию (ругу) или финансовую поддержку от епархиального епископа, отчислявшего часть своих доходов на содержание клира. Некоторые городские соборы и церкви владели землями. В XVIII и особенно в XIX в. открывалось много храмов, которые не имели своих приходов, – при учреждениях, учебных заведениях, в войсках. Все они, кроме войсковых, подчинялись епархиальному архиерею, но содержались за свой счет. Наконец, были безалтарные часовни и молитвенные дома, выступавшие в роли временных церквей. Следующая таблица показывает рост числа храмов:
