Начало русско-турецкой войны и ввод русской армии в Румынию привели к новой вспышке сербского восстания, и в декабре 1806 года сербы под руководством Карагеоргия взяли Белградскую крепость. Несмотря на то, что 15 января 1807 года султан ратифицировал Ичков мир, противостояние между официальной Портой и сербами всё нарастало. Не малую роль здесь сыграла русская дипломатия и материальная помощь России сербским повстанцам. Вскоре сербы отказались от соблюдения условий мирного договора с Портой и при поддержке русских войск стали вести борьбу за свою полную независимость.
Нелишним будет отметить и то, что много болгар приняло участие в этом сербском восстании. А во время русско-турецкой войны болгарские добровольцы в 1811 году присоединились к русской армии, сформировав «Болгарское земское войско».
Впрочем, антитурецкие восстания происходили не только на Балканах. В 1805 году против османского владычества выступили жители Каира, и в следующем году мамлюки нанесли ряд поражений турецким войскам, пока между ними не был заключён мирный договор. Антитурецкие настроения также охватили некоторые районы Центральной Аравии. В этих непростых условиях султан Селим III и его сподвижники ещё раз попытались увеличить численность и повысить боеспособность своих воинских формирований. В 1805 году султан распорядился начать принудительный набор солдат для новых войсковых контингентов. Но это решение вызвало резкий рост недовольства населения, и турецкому правительству пришлось отказаться от этой идеи.
В своих планах султан стал активно опираться на Францию. Селим III без колебаний признал Наполеона императором. Он отправил к нему чрезвычайное посольство, приветствуя в нём «самого давнего, самого верного, самого необходимого союзника своей империи». В свою очередь Наполеон отвечал послу: «Все успехи и неудачи Оттоманской империи будут успехами и неудачами Франции».23
В 1806—1807 годах французский посол в Константинополе генерал Гораций Себастиани стал едва ли не самым главным советником султана в военных вопросах, а бывший французский офицер Жюшеро де Сен-Дени стал главным инспектором инженерно-сапёрных войск в турецкой армии. В различных правительственных ведомствах работали французские офицеры, военспецы, инженеры и мастера.
Весной 1806 года османское правительство начало перебрасывать в Румелию24 подразделения новых регулярных войск. В июне 1806 года туда же был переброшен крупный контингент турецких войск под началом Кади-паши. Общая численность армии Кади-паши, вместе с ранее отправленными подразделениями, достигла 30 тысяч человек. Когда эти войска приблизились к Эдирне, местные янычары подняли мятеж против султана. Они закрыли войскам дорогу, установив артиллерийские батареи, и требовали сместить чиновников – сторонников реформ. Известие о янычарском мятеже и о его поддержке в других районах Румелии вызвало панику в Константинополе. Султан пошёл на уступки консерваторам и отозвал регулярные войска. Слабостью правительства воспользовалась оппозиция. Исламское духовенство – улемы стали открыто проповедовать, что реформы султана противоречат установлениям Корана и шариата. Позиции султана и сторонников реформ резко ослабила и война с Россией. Армию по традиции возглавил великий везир – сторонник реформ Хильми Ибрагим-паша. Обязанности великого везира были возложены на Кесе Муса-пашу, который был тайным врагом султана и противником реформ. Вместе с группой других реакционно-настроенных сановников он организовал заговор против Селима III. Опираясь на поддержку ямаков – солдат вспомогательных частей янычарского войска, заговорщики 25 мая 1807 года открыто выступили против султана. Селим III действовал крайне нерешительно и 29 мая отрёкся от престола. Мятежники возвели на престол Мустафу IV, сына Абдул-Хамида I. Новый султан устраивал заговорщиков своей безвольностью и консервативностью.
