С древнейших времен автономность имперских университетов от высшей власти сохраняла в них свободу мысли и высокий уровень образования. Новый император и Победоносцев объявили университеты рассадниками опасных революционных идей, отменили их автономию и подчинили чиновникам-попечителям, командовавших от царского имени. Теперь Победоносцев контролировал не только учебный процесс, но и благонадежное содержание лекций. Вольнодумных студентов предполагалось ссылать в солдаты.
Высшие женские курсы в Петербурге и Москве, Киеве и Казани были объявлены «настоящей клоакой анархической заразы» и «скоплением девиц, ищущих не столько знаний, сколько превратно понимаемой ими свободы», и закрыты. Столпы самодержавия объявили опасным для общества самостоятельность образованной и работающей женщины. Были закрыты и Женские врачебные курсы, поскольку «эмансипация женщин способствовала развращению молодежи». Только в 1890 году возобновился прием на значительно измененные Высшие Бестужевские женские курсы в Петербурге.
В гимназиях, училищах и школах основное внимание стало уделяться порядку, дисциплине, благопристойности, воспитанию послушания. Недовольные исключались из учебных заведений без возможности дальнейшей учебы. Из библиотек были изъяты «неправильные книги». «Циркуляр о кухаркиных детях» сильно ограничил доступ к учебе детям простого народа. Плата за обучение резко возросла и многим низшим сословиям стала не по карману. Министерство народного просвещения занялось открытием начальных церковноприходских школ, учивших детей только элементарному минимуму.
Разгром образования в империи вызвал возмущение во всех сословиях, но Зимнему было все равно.
Александру III очень не нравилась несменяемость судей, и он изменил судебные уставы 1864 года. Суд присяжных царь отменить не смог из-за поднявшейся бури протестов в обществе, но права судов были очень ограничены. Мировые суды были вообще упразднены.
Введением института земских начальников царь лишил земства независимости и сделал их органами государственной власти. Общественного самоуправления в империи больше не было. Были сильно урезаны права городских дум. Столпы самодержавия считали, что правительство имело очень слабое влияние на местное управление и устранило этот недостаток. В империи больше не действовал принцип всесословности. Стремительно сокращавшееся дворянское сословие получило неограниченные полномочия.
Функции, отобранные у земств, не были переданы в другие ведомства. Земские больницы не финансировались, лекарств и перевязочных материалов не хватало, врачи уезжали, и разразившаяся весной 1893 года холера быстро убивала подданных в Петербурге, Орле, Поволжье. Распространению эпидемии в империи способствовал голод 1891 года, антисанитарные условия жизни, отсутствие гигиены и недоверие населения к медицине, особенно к прививкам. Для борьбы с холерой не хватало ни средств, ни квалифицированных специалистов. Кто-то начал распространять в забитом народе слухи, что в эпидемии виновны евреи, которые хотят убить всех русских, и в еврейских местечках начались кровавые погромы. Современники писали, что из холерных губерний сбежали чиновники во главе с губернаторами, лекарства отсутствовали, трупы лежали на улицах, а больных спасали добровольцы и студенты-медики. В эпидемии винили, конечно, отвечавшее за все самодержавие.
