В мае 1523 г. рыцари Ордена прибыл в Мессину, но чума заставила их покинуть город. Тогда император Карл V, стремясь усилить свое влияние в Средиземноморье, подарил Ордену в вечное владение г. Триполи на побережье северной Африки, недавно завоеванной испанцами, и острова Мальту, Гозо и Комино. Во владение островами Орден вступил 26 октября 1530 г. и с этого времени стал называться «Суверенный Военный Госпитальный Мальтийский Орден».
Триполи иоанниты смогли удержать до 1551 г., а остров Мальта стал надежным оплотом не только ордена, но и всего христианского мира в центре Средиземноморья.
Первое сражение у берегов Мальты, закончившееся поражением турок, произошло в июле 1551 г. А с 18 мая по 8 сентября 1565 г. Орден (400—700 рыцарей и 6—7 тыс. солдат), под командой гроссмейстера Жана Паризо де ла Валетта, имя которого ныне носит столица Мальты, выдержал осаду 100 тыс. турецкой армии и флота. 7 октября 1571 г. флот Ордена нанес крупное поражение турецкому флоту в заливе Лепанто.
В мае 1698 г. на остров Мальту к рыцарям-иоаннитам прибыл со свитой боярин Б. П. Шереметев – доверенное лицо московского царя Петра Алексеевича. Хотя в царской грамоте и значилось, что боярин следует на Мальту по «охоте его», а сам он объяснял свою поездку на остров желанием «большую себе к воинской способности восприять охоту», очевидно, что он имел дипломатические поручения по вхождению царства в антитурецкий союз. Очевидно, с этой же целью посетил рыцарей в июле 1698 г. и царский стольник П. А. Толстой. Однако затем контакты между Москвой и Мальтой прекратились.
Только в 1764 г. императрица Екатерина II поручила князю Д. А. Голицыну, своему посланнику в Вене, подобрать мальтийского рыцаря, сведущего в строительстве и управлении галерами. Позднее на обучение к мальтийским рыцарям были направлены русские военные моряки, которые провели там несколько лет.
Однако, несмотря на активность русского флота в Средиземном море во время русско-турецкой войны, Россия не проявляла особого интереса к Мальте, хотя в январе 1770 г. здесь появился первый поверенный в делах маркиз Кавалькабо. При представлении Великому магистру Пинто маркиз Кавалькабо передал сразу два письма от императрицы, в которых она просила оказать помощь эскадре Г. А. Спиридова и благодарила за прием офицеров на обучение.
Хотя рыцари и отказались помогать русским в войне с турками, но контакты продолжались: на русскую службу был принят граф Мазе; граф А. Г. Орлов прислал Великому магистру 86 пленных алжирцев для обмена на христиан, захваченных пиратами; русские корабли заходили для ремонта на Мальту; в августе 1772 г. Мальту инкогнито посетил граф А. Г. Орлов.
С начала XVIII в. начался упадок Ордена, так как стала отпадать необходимость в его военно-морской службе, а французская революция Декретом 1792 г. конфисковала всю собственность Ордена во Франции.
В этой обстановке контакты между Россией и Мальтийским орденом возобновились и 4 января 1797 г. была подписана «Конвенция, заключенная с Державным Орденом Мальтийским и его Преимуществом Грос-Мейстером, – об установлении сего Ордена в России», учредившая Российское римско-католическое великое приорство в составе «сана Великаго Приорства и из десяти Командорств». 17 ноября 1797 г. были подписаны Прибавочные статьи Конвенции, учреждавшие еще три командорства.
Однако Конвенция лишь частично компенсировала потери Ордена от французской революции и не могла защитить его от непосредственной угрозы.
