По мысли устроителей лицея, строгий быт, форменная одежда, одинаковая для всех, делали воспитанников равными друг перед другом независимо от знатности происхождения, богатства родителей, способствовали сосредоточению внимания лицеистов на главном. А главным в лицее была, конечно же, учеба.
Занятия с лицеистами вели семь профессоров, два адъюнкта, священнослужитель, преподававший Закон Божий, шесть учителей изящных искусств и гимнастики. Кроме того, в штате учебного заведения состояли три гувернера и три надзирателя. Главой лицея считался министр народного просвещения. Непосредственное руководство учебно-воспитательным процессом осуществлял директор, кандидатура которого по представлению министра утверждалась императором.
Первым директором Царскосельского лицея стал просветитель-демократ статский советник Василий Федорович Малиновский (1765—1814). По воспоминаниям некоторых лицеистов, это был человек добрый, простодушный, но малообщительный и малопригодный к директорской должности. И все-таки это была личность, достойная благодарной памяти и уважения. Сын московского протоиерея, выпускник Московского университета, он был одним из образованнейших людей своего времени. До организации лицея служил в разных должностях в Коллегии иностранных дел, в совершенстве владел семью иностранными языками, среди которых были и восточные. Кстати, тесть будущего первого директора Царскосельского лицея – А. А. Самборский также не был чужд педагогики и вошел в историю отечественного образования как основатель первой в России земледельческой школы (1797).
Малиновский являлся автором нескольких научных трудов, в том числе политического трактата «Рассуждения о мире и войне» (1803). В нем он горячо ратовал за всеобщий и вечный мир, высказывал мысли, которые намного опередили свое время и нашли практическое воплощение лишь в двадцатом столетии. Малиновский, в частности, предвосхитил идею Организации Объединенных Наций и Европейского сообщества. Он проектировал создание общего союза всех европейских государств во главе с постоянным органом – советом полномочных, через который предлагал строить все отношения между союзными державами и осуществлять санкции по отношению к тем государствам, которые нарушали международные соглашения.
Другое сочинение Малиновского – записка «Об освобождении рабов», поданная в 1802 г. канцлеру России В. П. Кочубею, свидетельствовало о прогрессивных взглядах автора, его критическом отношении к российской действительности и тому рабскому положению, в котором находилось большинство населения страны. Педагогические и философские воззрения Малиновского оказывали существенное влияние на нравственную атмосферу в лицее, способствовали утверждению в нем духа свободолюбия, а его слова «общее дело дляобщей пользы» стали лицейским девизом.
После смерти Малиновского, которая со скорбью была встречена всеми лицеистами, место директора в течение двух лет оставалось незамещенным. Исполнение обязанностей по должности переходило то к одному, то к другому профессору, то к коллегиальному органу – конференции. Какое-то время лицеем руководил отставной подполковник артиллерии, фронтовик аракчеевской школы и отчаянный картежник С. С. Фролов, пытавшийся ввести в учебном заведении казарменную муштру. Лицеисты не только не уважали его, но и не упускали случая открыто высказывать в его адрес презрение. В начале 1816 года одиозный С. С. Фролов был отстранен от директорства и на эту должность был назначен директор Педагогического института в Петербурге Егор Антонович Энгельгард (1775—1862).
