Особенно одиозную роль на судебном процессе сыграл Б. М. Шапошников, командарм 1-го ранга, начальник Штаба РККА, сторонник конников. Он был одним из авторитетнейших членов Специального судебного присутствия. Согласно стенограмме, Шапошников не задал ни одного вопроса ни одному из подсудимых. Такое его пассивное поведение вызывало недоумение. Ведь на судебном процессе обсуждались принципиальные вопросы о характере будущей войны, средствах и методах обеспечения безопасности Красной Армии. Безучастным он остался и при выяснении виновности подсудимых: как они представляли роль танков и кавалерии в будущей войне? А ведь командарм Шапошников – крупный военный теоретик к тому же занимал должность начальника Штаба РККА. Наверняка у него были вопросы к подсудимым, уточняющие их позицию. Шапошников уклонился от обсуждения этих вопросов и оказался в роли члена этого суда не случайно. Он относился к числу «военспецов». Окончил Академию Генштаба царской армии. Имел чин полковника царской армии. Сталин был среди тех, кто решительно возражал В. И. Ленину и Л.Д. Троцкому против привлечения «военспецов» к строительству Красной Армии, открыто выражал им недоверие и даже без достаточных оснований преследовал их. На 8 съезде РКП(б) 1919 г. Сталин дипломатично не выступал против военспецов, отдав инициативу Ворошилову, который входил во фракцию «военная оппозиция», возникшую на съезде против привлечения военспецов в РККА. На этот раз Сталин включением Шапошникова в состав суда хотел показать, что поддерживает военспецов, кто послушно выполняет его волю и независимо от собственных убеждений следует за подготовленными им решениями. Так появилась подпись Шапошникова под смертным приговором Тухачевскому и др., самая авторитетная для признания подсудимых виновными в подрыве боеспособности Красной Армии путём недооценки кавалерии. Такое отношение Шапошникова спровоцировало массовые чистки в армии бывших военспецов. Тех самых, свыше 75 тыс. которых добровольно вступили в Красную Армию и принесли ей победу в Гражданской войне. Сталин не забыл эту бесчестную услугу Шапошникова… В 1939 г. он был избран кандидатом в члены ЦК ВКП(б), а в 1940 г. назначен заместителем наркома обороны, ему было присвоено звание Маршала Советского Союза. За несколько дней до окончания войны Шапошников умер и унёс с собой, всё что знал, работая со Сталиным. Военно-теоретическая мысль Б.М. Шапошникова покоилась главным образом на опыте 1-й мировой войны и была в значительной мере обращена в прошлое. Ещё в конце 1932 г., после Р.П. Эйдемана, главой Военной академии им. М.В.Фрунзе был назначен Шапошников. По словам Г.С. Иссерсона, бывшего в то время начальником факультета оперативного искусства академии, его назначение было ударом для понятия «новые формы борьбы» и триумфом «военного мировоззрения, основанного исключительно на опыте 1-й мировой войны» и, следовательно, не мог понять изменений, происшедших с тех пор. После назначения Г. К. Жукова на должность начальника Генштаба в феврале 1941 г. Шапошников некоторое время курировал его работу.
Последовавшая после суда над полководцами чистка командных кадров, разрасталась вширь, охватывая всех, кто принадлежал к прежнему окружению приговорённых, военспецам и командирам Красной Армии. На армию это подействовало катастрофически –особенно ввиду общего увеличения вооружённых сил, которое происходило одновременно с чистками. Окончательная цифра чистки офицерского корпуса, по словам наркома Ворошилова, составила: «В ходе очищения Красной Армии в 1937–1938 гг. мы подвергли чистке более 40 000 человек». А всего на основании данных архива Верховного Суда СССР и военных трибуналов общее число репрессированных в 1937-1941 гг. составило 54 417 человек. В недавно раскрытых дневниках бывшего Министра обороны Маршала Советского Союза Р.Я. Малиновского упоминается цифра 82 тыс. человек.
