В 1732 году императрица Анна Иоанновна пожаловала для Академии каменный дом князя Алексея Долгорукова на углу набережной Большой Невы и 3-й линии (ныне здесь здание Санкт-Петербургской Академии художеств), так как на старом месте Академии и окружающих участках решили строить Зимний дворец.
Переезд Академии в новое здание состоялся только в 1738 году. Новый дом был теснее предыдущего, и большинство учеников было отправлено для проживания в город. При этом переезд на Васильевский остров вызвал большие неудобства и лишние траты для учеников и гардемаринов Академии. Так, окормлялись, то есть принимали пищу, ученики и гардемарины, не находившиеся в плаваниях и в других портах, в полотняной церкви Св. Николая Чудотворца (на месте дома №67 у Синего моста) на Морском полковом дворе Адмиралтейского острова, который в то время находился у Исаакиевской церкви, за Мойкой. После переезда на Васильевский остров обучающимся приходилось дважды в день перебираться на другую сторону Невы по наплавному мосту, переход через который был платным. В то же время для обучающихся в Сухопутном кадетском корпусе, давно уже существовавшем на Васильевском острове, переход был бесплатным. Все это приводило к тому, что в Морскую академию все меньше становилось желающих поступать. В последующем вопрос о строительстве надлежащего здания для Академии продолжал периодически подниматься Адмиралтейской коллегией перед императрицами Елизаветой и Екатериной II в 1741, 1744, 1747 годах, но безрезультатно.
15 декабря 1752 года Морская академия указом императрицы Елизаветы Петровны была преобразована в Морской шляхетный кадетский корпус. Данное переименование не повлекло за собой упразднение звания «гардемарин», но оно стало уже присваиваться ученикам старших курсов.
Всего за 1717—1752 гг. Академия подготовила свыше 750 моряков и геодезистов. Причем бывали случаи непосредственного производства в унтер-лейтенанты, а наиболее выдающихся по успехам выпускников – в лейтенанты. Из Академии вышли известные мореплаватели и исследователи С. Г. Малыгин, И. М. Евреинов, Ф. Ф. Лужин, Д. Я. и Х. П. Лаптевы, С. И. Челюскин, М. С. Гвоздев, А. И. Чириков, А. И. Нагаев, Н. В. Головин; флотоводец В. Я. Чичагов и многие другие прославившие Россию офицеры. Воспитанники геодезического класса осуществляли съемку территории Российской империи, участвовали в издании Академией наук в 1745 г. первого географического атласа России. А. Нагаев составил первые карты Берингова моря, а также первый атлас с подробной лоцией Балтийского моря. Н. Головин командовал Балтийским флотом в ходе Русско-шведской войны (1741—1743). А. Чириков был помощником Витуса Беринга в период Первой и Второй (Великой Северной) Камчатских экспедиций, а в 1741 г. он первым из европейцев достиг западного побережья Северной Америки.
Одними из первых выпускников Морской академии, принявшими участие в картографическом описании России, а именно Обской губы Карского моря, сразу после выпуска в 1719 году стали Петр Чичагов и Иван Захаров в экспедиции майора лейб-гвардии Семеновского полка Ивана Михайловича Лихарева.
Необходимо также подчеркнуть, что Морская академия до 1724 г. частично выполняла функции Академии наук России, пока не была образована Петербургская академия наук.
