Учащимся был установлен мундир: кафтан и штаны зеленого цвета с белыми отворотами и пр. Количеством полос позумента на обшлагах, воротниках и шляпах обозначались класс и звания: 1-й класс (на флоте 1-й всегда старший) – в три полосы и т. д., сержантам на обшлагах добавлялись четыре ряда, каптенармусам, подпрапорщикам и фурьерам – три, капралам – два ряда.
В офицеры Корпуса Адмиралтейская коллегия направила бывших выпускников Академии, проявивших свои незаурядные качества при службе на флоте: Петра Чаплина, Григория Спиридова, Харитона Лаптева, Евстафия Бестужева, Ивана Голенищева-Кутузова, Егора Ирецкого, Ивана Шишкова и других.
Учителями в Корпус перешли преподаватели Морской академии. Профессор математики и морских наук Дж. Ньюбери был выписан из Лондона, при нем состояли Кривов, Четвериков, подмастерья Расторгуев, Бельцов, Бухарин и Курганов. Артиллерию читал Красильников. Для русского языка выписаны знатоки из московской Славяно-греко-латинской академии. Географию, генеалогию и прочие науки читал немец X. Гейльман.
В Корпусе изучалось 28 наук, по аналогии с бывшей Морской академией. Была расширена программа общего образования. Традиционно глубоким было изучение математики и навигации, для чего в штате были профессор и учителя с подмастерьями. Мореходную астрономию преподавали способные ученики «большой астрономии», артиллерию и фортификацию – сведущие офицеры. Поскольку будущим корабельным офицерам предстояло выполнять гидрографические работы, то в Корпусе было два учителя рисования с подмастерьями, для этого же было рекомендовано образовать класс геодезии из 50 человек (впоследствии его передали в распоряжение Академии наук). Боцман обучал такелажному делу, для лучшего обучения было предписано иметь малый кораблик. В Корпусе преподавали русский язык и правописание, а также несколько иностранных языков: французский, английский, немецкий. В преддверии будущих войн 1760-х гг. дополнительно было заведено изучение датского и шведского языков, но, как оказалось в последующем, следовало учить еще и греческий, и турецкий. Специально для обучения танцам были заведены фехтмейстер и танцмейстер, причем танцевальная экзерциция считалась важнее фехтовальной.
Учебный курс был разделен на три класса (по-современному – курса). Первый – гардемаринский класс, второй – выше тригонометрии и третий – ниже тригонометрии. Обучавшихся во втором и третьем классе стали называть кадетами.
Учебный распорядок включал в себя: с 7.00 до 11.00 – теоретические предметы, с 14.00 до 18.00 – упражнения.
При переходе из класса в класс устраивались экзамены. Точного срока пребывания в каждом классе установлено опять не было, но дольше трех лет учиться не дозволялось. Таким образом, обучение воспитанника начиналось в 11 лет, а к 20-летнему возрасту ему надо было окончить учебу и перейти на службу, но дозволялось сделать это и раньше.
В 1760 году капитан 1-го ранга А. И. Нагаев сдал во временное управление Морской корпус капитану 1-го ранга А. М. Давыдову, а того вскоре сменил контр-адмирал Ф. С. Милославский. Федор Сергеевич энергично взялся за дело, ибо ему поручили «привести корпус в должный порядок», и составил план конкретных мероприятий. Однако при этом он поставил перед Адмиралтейств-коллегией единственное условие: упорядочить финансирование Корпуса, ибо отпускаемые на его содержание кредиты по непонятным причинам не только необоснованно резко занижались, но и выплачивались не полностью, отчего педагоги увольнялись из Корпуса, хозяйственная служба работала на пределе, а выпускники не могли должным образом экипироваться для прибытия на флот.
