За Патриархом Тихоном частенько приезжал «воронок», его увозили на Лубянку, где изо дня в день продолжались бесконечные, изматывающие допросы, его обвиняли в содействии контрреволюции. Но Патриарх не терял душевного спокойствия и бодрости духа. Готовился процесс над Патриархом, результатом которого, с большой вероятностью, должен был стать расстрел. Это должно было произойти весной 1923 года.
За судебным процессом Патриарха Тихона – фигурой мирового масштаба, следили за рубежом. Британия даже предъявила Советам ультиматум, в котором требовала прекратить гонения на верующих. Тогда от узника № 1 стали добиваться покаяния, то есть отречения от старого мира и поддержки новых властей. От Патриарха требовали осуждения русских православных эмигрантов, которые оказались за пределами Советской России и выступали там с нелояльными для Советской власти заявлениями. От Патриарха требовали их осуждения. Следователь не скрывал того, что обрабатывал Патриарха на допросах, скорее всего применялись пытки. Святитель провёл во внутренней тюрьме ГПУ больше месяца и однажды с Лубянки его увезли прямо в больницу.
В июне 1923 года Патриарх Тихон в покаянном обращении пишет: «Я Советской власти не враг». Он не пишет, что он сторонник Советской власти, он ни к чему не призывает. Этот компромисс, на который он пошёл, позволил сохранить Церковь от развала, нанести удар по обновленцам и спасти от смерти многих священников, которые вслед за ним были выпущены из тюрем. В силу выступления Патриарха, распространения его посланий на местах стала проясняться истинная церковно-политическая обстановка, и многие общины и епархии стали возвращаться под омофор Патриарха, восстанавливать с ним общение, обновленчеству был нанесён серьёзный удар. Заявление нисколько не изменило отношения верующих к святителю. «Это Патриарх написал не для нас, а для большевиков», – говорили в народе. Православные люди очень любили Патриарха Тихона. В 1923 году он был освобождён, и когда он выезжал на Богослужения в Сретенский монастырь, четыре с половиной часа продолжалось миропомазание на Всенощной, каждый стремился приложиться к нему. Современники вспоминали, что это было удивительное зрелище, как Патриарх Тихон, уже измождённый, всего себя отдавал людям.
После освобождения из-под стражи Патриарх переселился в домик настоятеля Донского монастыря, там произошло очередное покушение на его жизнь, уже третье за время предстоятельства. В дом проникли неизвестные, к ним навстречу вышел патриарший келейник Яков Полозов, служивший ему более 20 лет. В темноте в него выстрелили, подумав, что это Патриарх. Смертельно раненый Яков упал, и тут же скончался на глазах у потрясённого Патриарха, который принимал Якова как своего сына.
Жизнь в постоянном напряжении и борьбе быстро отнимала силы, в январе 1925 года Патриарха Тихона направили в больницу с сердечной недостаточностью. Принять опального церковного иерарха согласилась только частная больница Бакуниных на Остоженке, она и стала его последним приютом. 7 апреля 1925 года Патриарх Тихон преставился ко Господу.
Четыре дня подряд нескончаемым потоком, несмотря на опасность преследования, в Донской монастырь шли люди проститься с Патриархом Тихоном. В день похорон – вербное воскресенье 1925 года – монастырь, по словам очевидцев, был чёрен от людей, толпа заполняла и все окрестные площади и улицы, провожали человека – эпоху и вместе с ним всю прежнюю Россию.
