Для рассмотрения наиболее важных дел при Главном военном суде могло быть создано Особое присутствие (председатель – генерал, два члена суда – штаб-офицеры, военный прокурор). Одно из отделений Главного военного суда – Верховный кассационный суд рассматривал дела по кассационным протестам главного военного прокурора и жалобам заинтересованных лиц на приговоры военно-окружных судов. Правительствующий Сенат, являвшийся кассационной инстанцией для общих судов, к военным судам отношения не имел.
Главный военный суд обладал широкими полномочиями по руководству нижестоящими военными судами. Он осуществлял контроль над точным и единообразным применением закона, определял порядок применения действующего законодательства на основе обобщения судебной практики. Осуществляя надзор за военными судами, Главный военный суд был вправе объявить «за недостатки и упущения в судебной работе» порицания, замечания и выговоры всему составу проверяемого военного суда либо конкретному судье. Такими же полномочиями он обладал и в отношении военных следователей и кандидатов на судебные должности. Удаление от должности (увольнение) председателей и членов военно-окружных судов могло последовать только по постановлению Главного военного суда.
Председатели военно-окружных судов находились в непосредственном подчинении военного министра (ст. 165—169 устава). Таким образом, надзор за органами военной юстиции России по Военно-судебному уставу 1867 г. в конечном итоге был полностью сосредоточен в руках исполнительной власти: военного министра, военного командования и императора.
Должностные лица органов военной юстиции обладали определенной самостоятельностью по отношению к воинским начальникам. Председатель и члены Главного военного суда могли быть отстранены от должности только по решению императора; председатели военно-окружных судов, военные судьи и военные следователи – по постановлению Главного военного суда. Главный военный прокурор мог быть уволен или отстранен от должности государем, но по представлению военного министра; военные прокуроры военно-окружных судов и их помощники – военным министром по представлению главного военного прокурора.
Были установлены известные гарантии в отношении привлечения к ответственности чиновников военно-судебного ведомства, так как действовал особый порядок привлечения их к дисциплинарной или судебной ответственности.
Непосредственным органом военно-судебного управления являлось Главное военно-судное управление Военного министерства, которое впервые было организовано в марте 1867 г. на базе бывшего аудиторского управления военного ведомства. Круг обязанностей Главного военно-судного управления в целом и его подразделений был определен в «Положении о военном министерстве», утвержденном 1 января 1869 г.283
На военное министерство возлагалось: «поддержание в войсках нравственности и дисциплины и преследование проступков и преступлений, а также усовершенствование военного законодательства». Непосредственное выполнение этих обязанностей возлагалось, в том числе, на Главное военно-судное управление (административный орган) и Главный военный суд (орган правосудия), которые входили в качестве составных частей в военное министерство.
С 1879 г. Главный военный суд был отстранен от рассмотрения кассационных жалоб и протестов по делам о государственных преступлениях. Указом от 8 марта 1879 г.
