В то же время студенческий и научный обмен между Россией и США практически прекратился по экономическим и организационным причинам. Пополнение российских библиотечных фондов материалами из США также ухудшились по той же причине. В 90-е годы в российско-американских отношениях было мало позитивного развития. Напротив, американская внешняя и экономическая политика по отношению к России и миру в 90-е годы сделала имидж США менее привлекательным для российских студентов.
В стране стало наблюдаться расширение антиамериканских настроений, что было новым явлением в России в эти годы и имело мало общего с официальной критикой американского империализма в советское время. Антиамериканизм начал расти в период, когда Россия потеряла статус сверхдержавы, оказалась в тяжелом политическом и экономическом кризисе и стала объектом давления со стороны США.
Трудности, которые переживала Россия, повлияли на молодежь и сделали выбор студентов изучать историю США более сложным. Число студентов и ученых в этой области сократилось. Следует также добавить, что американская государственная или частная поддержка американистики в России была весьма ограничена, как и бизнес-инвестиции из США, в отличие от быстро растущих экономических, культурных и образовательных связей России с такими европейскими странами, как Германия, Франция и ЕС в целом.
Все это весьма неблагоприятно отразилось на работе лаборатории по истории США в МГУ. Прежде всего, из ее состава по различным причинам выбыло несколько основных сотрудников. Среди них были В. А. Никонов. А. А. Поршакова, А. А. Кормилец. И. В. Галкин. В дополнение к кадровому кризису и под влиянием упомянутых выше негативных политических факторов заведующий кафедрой новой и новейшей истории профессор Е. Ф. Язьков принял решение отказаться от продолжения исследования проблемы политических партий в США и переориентировать группу сотрудников на изучение проблемы функционирования системы международных отношений. С формальной точки зрения лаборатория по изучению истории США сохранилась, но фактически она перестала выполнять те задачи, для которых была создана профессором Н. В. Сивачевым, а позднее и формально была переименована в лабораторию новой и новейшей истории стран Европы и Америки. Фактическое прекращение деятельности лаборатории по истории США обозначило завершение важного этапа в возникновении и становлении изучения истории США как научной дисциплины на кафедре новой и новейшей истории. Это, безусловно, был этап развития по восходящей линии и по содержанию и по масштабам деятельности, характеризовавшийся большими достижениями как в подготовке кадров, так и в области научных исследований, да и в сфере международного сотрудничества.
Конечно, группа историков-американистов кафедры новой и новейшей истории продолжала свою работу. Она даже пополнила свой состав новыми выпускниками кафедры взамен выбывших коллег. Сотрудниками лаборатории в 90-е годы стали Р. А. Сетов, М. О. Трояновская, А. А. Сидоров, Е. Н. Глазунова, И. Ю. Хрулева. Все они защитили кандидатские диссертации по различным проблемам истории США. В 2001 г. в состав лаборатории вошел К. В. Миньяр-Белоручев, в 2003 г. также защитивший кандидатскую диссертацию30.
Однако за исключением И. Ю. Хрулевой, все они были ориентированы на работу в группе по проблематике международных отношений и лишь частично занимались вопросами американской истории в контексте внешней политики США. М. О. Трояновская, И. Ю. Хрулева и К. В. Миньяр-Белоручев исследовали вопросы колониальной истории
