К осени 1918 большая часть территории Сибири находилась под контролем Временного Сибирского правительства. Но оно претендовало теперь уже и на роль Всероссийского правительства. Однако на Государственном совещании в Уфе 23 сентября 1918 в результате компромисса между различными политическими силами, представлявшими антибольшевистский лагерь в России, была создана временная всероссийская власть в лице Уфимской директории. В её состав реально вошли Н. Д. Авксентьев, В. Г. Болдырев, В. А. Виноградов, П. В. Вологодский и В. М. Зензинов. Своей резиденцией директория избрала Омск, куда и прибыла 9 октября 1918. В начале ноября указом директории был создан Совет Министров (Временное Всероссийское правительство), в состав которого вошли главным образом министры Временного Сибирского правительства. Уфимская директория сохранила все акты Временного Сибирского правительства, а в качестве главных задач выдвигалась борьба за свержение Советской власти, аннулирование Брестского мира и продолжение войны со странами австро-германского блока.
Но в результате государственного переворота 18 ноября 1918 в Омске власть Уфимской директории была упразднена. Верховным правителем России стал А. В. Колчак, а исполнительная власть перешла к Российскому правительству, состоявшему в основном из членов бывших Временного Сибирского и Временного Всероссийского правительств. Вся деятельность Верховного правителя и Российского правительства была направлена на реставрацию порядков, существовавших в России до большевиков. Резиденцией Верховного правителя и Российского правительства вновь был избран Омск. Здесь же находились Совет Верховного правителя, Государственное экономическое совещание, Правительствующий Сенат, командование Сибирской армией и другие органы власти белой России, а также золотой запас России. В Омске находились и иностранные представители: Высокие Комиссары Реньо (Франция) и Эллиот (Англия), генеральные консулы Мацушима (Япония) и Гаррис (США), а также военные представители Жанен (Франция), Нокс (Англия), Скайлор (США).
Сразу же после свержения Советской власти в Омске, как и в других городах Сибири, стало формироваться большевистское подполье. Главная задача сибирских подпольщиков – вооружённая борьба за восстановление в Сибири Советской власти – была определена на Сибирской конференции большевиков, проходившей в Томске в августе 1918. Омску в этой борьбе отводилось особое место, в силу того, что здесь были сконцентрированы основные политические и военные силы антибольшевистского лагеря. В 1918—19 в Омске находились Сибирский областной комитет РКП (б) и Сиббюро ЦКРКП (б). Наиболее крупным выступлением большевиков было восстание 22 декабря 1918 в Омске, закончившееся поражением. После подавления восстания были расстреляны многие его участники, а также члены Всероссийского Учредительного собрания, находившиеся в омской тюрьме. ещё одна попытка вооруженного восстания была предпринята большевиками в Омске 1 февраля 1919, но и она закончилась неудачно. Несмотря на потери, которые несли большевики, они продолжали борьбу в подполье. В 1919 основная деятельность омских подпольщиков была направлена на разложение белогвардейской армии и помощь партизанскому движению, которое охватило значительную часть современной территории Омской области, но особый размах приобрело в тарских урманах.
