В октябре 1998 года Министерство юстиции РФ обратилось в Генеральную прокуратуру РФ с просьбой возбудить уголовное дело против Макашова в связи с его высказываниями на митингах 4 октября в Москве и 7 октября в Самаре. После осуждения высказываний Макашова многими политическими лидерами, Макашов выступил в программе «Акулы политпера», где объяснил, что говоря о «жидах» 4 и 7 октября, имел в виду просто «плохих людей» всех национальностей. Тем не менее, он 1 ноября 1998 предложил ввести квоту для евреев в органах власти. 13 ноября 1998 Государственная Дума РФ приняла заявление, осуждающее антисемитизм, не упоминая, впрочем, при этом имени Макашова, а Московская городская прокуратура по факту выступлений генерала на митингах возбудила уголовное дело. Генеральная прокуратура РФ направила в Государственную Думу запрос с требованием лишить Макашова депутатской неприкосновенности. 29 декабря 1998 уголовное дело, однако, было прекращено, потом снова возбуждено и окончательно прекращено за отсутствием состава преступления 24 июня 1999 года.
В феврале 1999 года на съезде казаков в Новочеркасске предложил переименовать «Движение в поддержку армии, флота и оборонной промышленности» в «Движение против жидов», а также заявил: «Мы будем антисемитами и должны победить». Среди других высказываний Макашова на съезде: «Евреи так нахальны потому – позвольте я по-своему, по-солдатски скажу, – потому что из нас еще никто к ним в дверь не постучал, еще никто окошко не обоссал. Потому они так, гады, и смелы!» Тем не менее, в марте 1999 года прокуратура Ростовской области отказала в привлечении Макашова к ответственности за разжигание межнациональной розни. Все уголовные дела, заведенные против Макашова по поводу его провокационных высказываний, уже в сентябре были прекращены.
Тогда же с подачи Бориса Березовского на антисемитствующего генерала резко наехал Сергей Доренко в своей авторской программе на Первом канале, что вызвало ярость & уныние а рядах макашовских поклонников. Сам ведущий вспоминал об этом эпизоде в одной из своих радиобесед: «Я критиковал генерала Макашова, готов повторить свою критику при встрече. В тот день, когда он предложил квоты, национальные квоты в органах госуправления, мы сделали обширнейшее исследование, мы, наша съемочная группа. Мы ездили в патологоанатомический центр, в морг, мы ездили к патологоанатомам, знаете, мы объездили все, институт антропологии, где подняли работы, кстати, нацистов гитлеровских, все, как все-таки выявить, кто, понятно, если квоты, мы сделали, мы сработали, как инженю, как будто мы наивные. Макашов сказал – давайте делать. А мы думаем – хорошо, вдруг я скажусь бурятом, вдруг на бурята есть квота, а как меня, подлеца, изобличить, что я не бурят? Мы были в морге, мы были в патологоанатомических центрах, мы были в музее антропологии, мы поднимали нацистские документы, нет объективного критерия. Поскольку это невозможно, мы это все таким образом высмеяли и категорически критиковали. Сегодня я также категорически критикую эту позицию, другие позиции генерала мне что-то на память не приходят. Вы знаете, я считаю, что Россия – империя, и в отличие от генерала Макашова я считаю, что Россия – великая империя, а в великих империях высшая честь – быть солдатом империи, высшая доблесть – быть солдатом империи. У солдата империи никто не спрашивает его национальность, право погибнуть за родину – высшая награда империи, дается каждому.
