Непосредственно над местом Рождества находится православный мраморный престол. На этом престоле имеют право совершать литургию только православные и армяне. Спереди престол опирается на две маленькие мраморные колонны, а в нише над ним сохранились небольшие фрагменты византийской мозаики. В то время, когда нет службы, престол закрыт специальной съемной решеткой. За престолом на стене укреплены шесть небольших православных икон.
В южной части пещеры, слева от входа, расположен придел Яслей. Это единственная часть пещеры, которая находится в ведении католиков. Он напоминает маленькую часовню размером примерно 2×2 м, или чуть больше, уровень пола в нем на две ступени ниже, чем в основной части пещеры. В этом приделе, справа от входа, расположено место Яслей, где был положен Христос после рождения. Собственно Ясли – это кормушка для домашних животных, бывшая в пещере, их Пресвятая Богородица по необходимости использовала как колыбель.
Внутренняя часть Яслей была вывезена как великая святыня в Рим в церковь Санта-Мария-Маджоре, там она известна под названиями Sacra culla, Cunambulum или Praesepe. Это было сделано в середине VII века, при папе Теодоре I, через несколько лет после захвата Святой земли мусульманами, возможно, для того чтобы не допустить поругания святыни. Та же часть Яслей, что осталась в Вифлееме, была обложена мрамором и сейчас представляет собой углубление в полу, устроенное в виде колыбели, над которым горит пять неугасимых лампад. За этими лампадами, у стены, поставлен небольшой образ, изображающий поклонение вифлеемских пастухов Младенцу.
В приделе Яслей, слева от входа в него, устроен католический престол Поклонения волхвов. Расположенный здесь запрестольный образ изображает поклонение волхвов Христу.
Сегодня Пещера имеет размеры 12,3×3,5 м и 3 м в высоту, то есть она довольно узкая и длинная, ориентирована по линии запад-восток. Место Рождества находится у ее восточной оконечности. В пещеру ведут две лестницы времен Юстиниана Великого, северная и южная, каждая состоит из 15 порфировых ступеней.
Северная лестница принадлежит католикам, южная – православным и армянам, расположены они в восточной части пещеры, симметрично по обеим сторонам от нее. Обычно паломники спускаются по южной лестнице, а поднимаются по северной. Эти входы приобрели свой нынешний вид в XII веке, когда бронзовые двери V–VI веков были заключены в мраморные порталы, а люнеты над дверями украшены резьбой по камню. Пол пещеры и нижняя часть стен отделаны светлым мрамором, остальное задрапировано тканью или закрыто шпалерами XIX века, по стенам развешаны иконы. Потолок сильно закопчен, на нем подвешены 32 лампады, а всего их в пещере 53, и это число неизменно с давних пор.
Пещера не имеет естественного освещения, в настоящее время освещается электричеством и отчасти лампадами и свечами.
В западной стене пещеры есть дверь, которая ведет в северную часть системы гротов, расположенных под базиликой, в том числе в грот, в котором жил святой Иероним Стридонский. Обычно эта дверь заперта.
Древняя серебряная с позолотой звезда была похищена в 1847 году (неизвестно кем, но скорее всего, турками). Эта кража стала новым поводом для взаимных обид православных греков и католиков и даже отчасти пробудила в 1848 году «вопрос о Святых местах». Звезда, которую можно видеть теперь, была изготовлена по точному образцу древней и укреплена в 1847 году по приказанию султана Абдул-Меджида I и на его средства.
