На современном этапе остро стоит проблема выбора методов и инструментов налогового стимулирования инновационной деятельности с точки зрения их практической реализации, в силу их недостаточности, фрагментарности, бессистемности и неэффективности, что затрудняет или делает невозможным применение действующих налоговых льгот, а также доказательство самого факта осуществления инновационной деятельности. Особое внимание должно обращаться на то, чтобы не просто предусмотреть ту или иную меру, нужно еще и наладить эффективное применение таких мер, т.е. эффективное администрирование, выступающее необходимым условием стимулирования и модернизации инновационно-ориентированной экономики.
Неоднозначная и законодательно незакрепленная трактовка действующих условий применения налоговых льгот, приводит к различной интерпретации возможностей их использования. Это создает ситуацию нестабильности, усиления неравномерности формирования и распределения налоговых баз на территориях в условиях инноватизации экономики, в силу того, что одни организации будут признаны инновационными в одних регионах, и не будут считаться таковыми в других. Если каждый субъект РФ будет руководствоваться собственными правилами, поддерживать разных субъектов экономических отношений, то прийти к единой системе поддержки деятельности такого рода будет невозможно.
Действующее налоговое стимулирование инновационной деятельности протекает вне зависимости от факторов, учитывающих особенности реализации инновационного процесса по фазам жизненного цикла продукта, стадиям инновационного процесса, видам налогов, имеющих разный характер в зависимости от объемов производства, этапам развития экономической деятельности хозяйствующего субъекта.
Так, на первоначальном этапе главный акцент целесообразно делать на модернизацию приоритетных отраслей экономики, поэтому основные посылы государства должны быть направлены на поощрение капитальных вложений. Если у хозяйствующего субъекта существует потребность в привлечении заемного капитала, в этом случае необходимо проводить оптимизацию структуры капитала по критерию минимизации уровня финансовых рисков. Степень финансового риска сокращается в связи с уменьшением стоимости капитала за счет привлечения инвестиционного налогового кредита. На следующем этапе приоритетом выступает налоговое стимулирование, непосредственно направленное на снижение себестоимости произведенной инновационной продукции. На этом этапе большое значение имеет амортизационная политика, а также инвестиционный налоговый кредит и прочие инструменты. Следующий шаг заключается в необходимости развития и поддержки интеллектуальной деятельности. Соответственно методы налогового регулирования должны быть направлены на снижение налоговой нагрузки на доходы работников, непосредственно участвующих в инновационном процессе предприятий.
В связи с отсутствием четких критериев деления инновационных предприятий по видам инновационной продукции, по стадиям инновационного цикла производимой продукции (исследование, разработка, внедрение, потребление), возникают вопросы: что именно относить к инновационным технологиям и затратам на них; как подтверждать обоснованность расходов с точки зрения их направленности на осуществление инновационной деятельности, на создание и реализацию «нового», «усовершенствованного», «принципиально нового» или «нового социально-значимого» инновационного продукта? Это усложняет налоговый учет, делает его затратным, поскольку требует наличия в организации квалифицированных юристов и положительной практики судебных разбирательств с налоговыми органами.
