Бюджеты всех уровней обеспечивались собственными закрепленными, гарантированными источниками доходов, одновременно предусматривалось сохранение регулирующих федеральных налогов. Региональные органы власти могли принимать аналогичные решения по введению регулирующих региональных налогов.
В пояснительной записке Правительства к проекту налогового кодекса отмечалось, что основная часть доходов региональных бюджетов формируется за счет поступлений от четырех налогов, а именно: от НДС, налога на прибыль, подоходного налога с физических лиц и акцизов. Эти налоги в проекте налогового кодекса сохранялись и должны оставаться существенными источниками региональных бюджетов. При подготовке налогового кодекса не ставилась цель указать нормативы отчислений по федеральным налогам в региональный бюджет, как и не рассматривались вопросы трансфертов из федерального бюджета, поскольку подобные вопросы должны решаться в рамках бюджетного законодательства. Предложенные формулировки были достаточно гибкими для того, чтобы позволить любое бюджетное решение этих вопросов.
При построении налоговой системы в проекте налогового кодекса предусматривалось, что основными доходными источниками федерального и региональных бюджетов должны быть налоги на доходы и прибыль, а местного бюджета – имущественные налоги. Логика такого построения заключалась в следующем. Принимая во внимание, что в соответствии с Конституцией Российской Федерации определение стратегии государственного, экономического и социального развития общества находится в ведении Российской Федерации, совместном ведении Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, решения федеральных и региональных органов власти должны быть соориентированы на создание оптимальных условий для развития отечественного предпринимательства, роста дохода и соответствующее увеличение поступлений в бюджеты. Органы местного самоуправления, по мнению авторов проекта, могут обеспечить эффективный контроль за накопленным имуществом, полнотой учета и сбора имущественных налогов. При этом местные органы могут с большей степенью реальности оценивать необходимость предоставления льгот по имущественным налогам.
В системе налогов предусматривались на федеральном и региональном уровнях налог на прибыль и подоходный налог с физических лиц при обеспечении единой методологии исчисления налогооблагаемой базы.
Из налога на прибыль предприятий и подоходного налога с физических лиц выделялся налог на доходы от капитала. В соответствии с проектом по невысокой ставке таким налогом предполагалось облагать отдельные виды доходов, налоги на которые удерживаются у источника доходов. Это относится, главным образом, к доходам в виде дивидендов или в виде процентов по ценным бумагам. По существовавшим тогда правилам величина налога на дивиденды зависела от того, каким лицом является акционер – юридическим или физическим. Юридические лица платили такой налог по ставке 15 %, а физические лица должны были включать такие доходы в состав совокупного годового дохода и платить налог по прогрессивной ставке (до 30 %). Чтобы устранить дискриминацию граждан, а также решить отдельные технические вопросы и был предложен новый налог, который, по мнению авторов проекта кодекса, должен был снизить налоговую нагрузку на граждан и способствовать инвестиционной активности граждан, в том числе через паевые инвестиционные фонды.
