Стефану возражали, что ежели малограмотные священники искажают обряд, то их следует обучить, но русская церковь от канонов православных не отклонялась и признавала только древние греческие рукописные книги, отвергая печатные и что ученых греков и киевлян, которых приводил в пример Стефан, никак допускать к исправлению книг нельзя, так как они давно истину и благочестие утратили. Этот, казалось бы, ученый спор имел кровавые социальные последствия.
По смерти патриарха Иосифа 25 июля 1652 года патриархом был избран Никон.
В 1653 году он совершенно неожиданно издал распоряжение, по которому отменялось утвержденное Стоглавым Собором «крестное знамение двумя перстами» и введено троеперстие. Отменены земные поклоны и разрешено кланяться только «в поясни» и т. д. Русский православный человек встал перед страшным выбором: ослушаться постановлений Стоглавого Собора – значит подвергнуть себя соборному проклятию, не исполнять распоряжений патриарха – значит нарушить послушание архипастырю. Часть членов кружка «ревнителей благочестия» обратилась с письмом к царю за помощью. За свою решительность все пострадали: с протопопа Неронова был снята скуфья, протопоп Аввакум сослан в Сибирь, протопоп Даниил расстрижен, лишен священнического звания, протопоп Логгин острижен – подвержен уголовному наказанию.
Патриарх Никон созвал в 1654 году церковный Собор и доложил о ходе реформ, но Собор его начинаний не поддержал. Никон пригласил антиохийского патриарха Макария и сербского патриарха Гавриила, вновь собрал Собор и там добился одобрения своих нововведений. Константинопольский патриарх Паисий предупредил об опасности от той торопливости, с которой совершается реформа, говоря, что православие допускает разнообразие обрядовых форм, если оно не связано с искажением вероучения. Но Никон, выдвигая авторитет греков, повсюду вводит новшества, и тем вызывает сопротивление многих.
В 1658 году Никон был лишен патриаршества, осужден и сослан в Ферапонтов монастырь, затем – в Кирилло-Белозерский. Но Никон остался не сломленным! Когда в 1676 году умер царь Алексей Михайлович, и огласили завещание, где царь просил у Никона прощения, тот ему в таком прощении отказал.
Столь же непримиримы являлись и противники Никона. Одним из самых яростных, почитаемый старообрядцами мучеником, был протопоп Аввакум.
При Никоне «справщики», не знавшие греческого, в том числе Аввакум, были устранены. Аввакум вошел в активную оппозицию новому патриарху и его новшествам. Уже в сентябре 1653 года его бросили в подвал Андроникова монастыря, потом сослали в Тобольск. Так как и здесь он не переставал «ревностно бранить ересь Никонову», то его перевели под начало суровому воеводе Афанасию Пашкову, имевшему поручение завоевать Даурию (Забайкальскую область). Шесть лет провел Аввакум в Даурской земле, дошел с воеводой до Нерчинска, Шилки и Амура, не переставая обличать неправедные действия воеводы. Пашков же подвергал его за это многим лишениям и истязаниям.
В 1663 году Аввакуму повелено возвратиться в Москву. Но через год он опять подал челобитную царю Алексею Михайловичу, в которой обвинил в ереси всю русскую церковь, за что его сослали в Мезень, где он остался полтора года.
В 1666 году Аввакум опять возвращен в Москву, но по-прежнему остается непреклонен в оппозиции всему церковному Собору и в 1667 году вместе с протопопом Никифором, попом Лазарем, дьяконом Феодором Ивановым и соловецким иноком Епифанием сослан в Пустозерский острог на Печоре.
