В августе в Преображенское пришла весть, что стрельцы и Федор Шакловитый по указанию Софьи и Голицына хотят убить молодых царей. Всей семьёй Нарышкиных и Петром овладела паника. Позже генерал Патрик Гордон пишет: «…он прямо с постели не успев надеть сапог, бросился в конюшню, велел оседлать себе лошадь, вскочил на неё и скрылся в ближайший лес. Сюда принесли ему платье, он наскоро оделся и поскакал в сопровождении немногих приближенных в Троицкий монастырь, куда измученный приехал в 6 часов утра. Его сняли с коня и уложили в постель. Обливаясь горькими слезами, он рассказал настоятелю о случившемся и потребовал защиты». Из этих слов видим, как в памяти Петра осталось тот детский страх при слове стрельцы, когда они в Кремле резали на его глазах бояр. В Троицкий монастырь переехала вся семья Нарышкиных, молодая жена, мать, слуги и все приближённые. Молодой Царь стал рассылать грамоты о явке служилых людей к нему на защиту. С этих пор после такого стресса у Петра проявился нервный недуг: подёргивание щеки, непроизвольные движения головы и некоторая неправильность походки «голову запромётывал и ногою запинался». Между Кремлём и Троицком установилась атмосфера враждебности и недоверия, каждая из сторон подозревала противную в намерении разрешить ситуацию силовым путем. Софья уговорила Патриарха Иоакима поехать в Троицкий монастырь и склонить Петра к переговорам, но в Москву тот уже не возвратился и объявил Петра полноправным Государем.
27 августа пришёл указ от Петра, с требование всем стрелецким полковникам явиться в распоряжение Царя в сопровождении выборных по 10 человек от каждого полка, за неисполнение этого предписывалась смертная казнь. Софья Алексеевна решила лично договориться с братом и с небольшой охраной выехала в Троицу, но была задержана в селе Воздвиженском боярином, князем Троекуровым с указанием от Петра вернуться назад в Москву.
В начале сентября в Троицу ушла иноземная пехота генерала Гордона. Василий Голицын уехал в своё имение Медведково фактически бросил Софью и устранился от политической борьбы. Петр издал указ арестовать главу стрельцов Шакловитого и доставить к себе, где под пытками тот признался в заговоре и был обезглавлен. В это время Царь Иоанн Алексеевич, встретив своего младшего брата в Успенском соборе и фактически передал всю власть в одни руки и отошёл от дел, хотя и подписывал грамоты. Сохранилось письмо, которое Петр послал своему старшему брату Иоанну «…срамно, государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу (Софье) государством владеть мимо нас».
В сентябре уже нового 1690 года издан указ Царей Иоанна и Петра Алексеевичей, исключающий из Царского их титула имени Правительницы, Государыни Царевны Софьи Алексеевны. Петр потребовал Софье удалиться в Путивль в Святодуховный монастырь, а затем отослал далее в Новодевичий, где к ней была приставлена стража. Всем верным боярам, кравчему, окольничим, стряпчим, стольникам, полковникам Царь Петр в октябре выдал денежные премии «придачи против Московских чинов, по приездам, кто в которых числах приехал» для охраны в Троицкий монастырь.
После Крымских походов и свержении Софьи в войне с Турецким Султаном наступило затишье, в течении которого Россией фактически правила мать Петра Алексеевича Наталья Кирилловна Нарышкина. Царица Наталья все дела поручила своему брату Льву Кирилловичу Нарышкину, Федору Юрьевичу Ромодановскому и другим боярам из этого рода. Царь Петр полностью отошёл от дел и занимался «
