Идея о том, что Эхнатон был пионером монотеистической религии, которая позже стала иудаизмом, рассматривалась различными учеными.
Общепризнано, что между Великим гимном Эхнатона Атону и библейским псалмом 103 существует сильное стилистическое сходство, хотя эта форма письма была широко распространена в Древней ближневосточной гимнологии как до, так и после этого периода.
Источники о последних годах правления Эхнатона скудны, в первую очередь из-за последующих попыток уничтожить память о нём. Хронологию позволяют проследить печати от кувшинов для вина, на которых писали год правления фараона. Последний известный год правления Эхнатона – 17-й.
Культ Атона, возвышение новой знати и внешнеполитическое ослабление государства порождали оппозицию старой элиты, включая жречество. Помимо внешней политики Эхнатон уделял мало внимания и внутренним делам, что приводило к самоуправству местных чиновников, от которого страдало население. Религия Эхнатона была элитарной. Она вращалась вокруг фигуры царя и его приближённых. Абстрактный, элитарный культ Атона, лишённый мифологии, был далёк от повседневных проблем и чаяний народа, не понимавшего смысла нововведений и всё более страдавшего от начавшегося экономического упадка. Раскопки показали, что даже в Ахетатоне простые жители дома отправляли ритуалы прежних богов. В последние годы правления Эхнатона Египет и восточное Средиземноморье постигла эпидемия, которая без сомнения ослабила власть фараона и его двора. После смерти Эхнатона на введённый им культ был наложен запрет, и верховным божеством поклонения вновь стал Амон. Однако, вероятно, что культ Атона не исчез сразу – идеи Эхнатона поддерживались рядом людей ещё на протяжении одного поколения.
По некоторым смутным и неопределённым фактам, можно предположить, что в последние годы правления культ вновь подвергся коррекции. В частности, чаще употреблялось божественное имя Ра. На изображениях последних лет царствования Эхнатон появляется в сопровождении двух юношей – Сменхкара и Тутанхатона. С 15-го года правления Эхнатона имя Нефертити не упоминается, как это было ранее, рядом с именем фараона, хотя известно, что она была жива и после смерти супруга.
Обстоятельства смерти Эхнатона неизвестны. После него последовал период быстрой смены правителей, завершившейся появлением новой династии фараонов, что свидетельствует о том, что итогом правления Эхнатона стал политический кризис.
Военачальник Хоремхеб, ставший фараоном после Эйе, приложил много усилий, чтобы уничтожить все следы существования Эхнатона и его реформ, а также любую память о них. Имя его создателя также было проклято и изъято из официальной документации, в которой отныне Эхнатона упоминали только как «врага».
Последователи Эхнатона отказались от атонизма.
В нескольких километрах на восток от своей новой столицы Ахетатона Эхнатон был погребён в своей гробнице, высеченной в скалах для него и его семьи. Там уже покоилась его вторая дочь Макетатон, скончавшаяся предположительно раньше отца. Однако в гробнице их тел не обнаружено. Саркофаг фараона разрушен, но восстановлен археологами.
Причина смерти Эхнатона неизвестна и окружена спекуляциями».
Добавим к этому, что об Эхнатоне узнали вновь после раскопок его древней столицы Ахетатона (современной Амарны) Флиндерсом Питри в XIX веке. Эхнатон был женат на Нефертити, которая была верной спутницей мужа в ходе религиозной реформы, а её имя писалось в картуше.
