Хартнакке еще с 20-х годов занимал весьма реакционную позицию, и даже официальный орган НСДАП – газета «Фелькишер Беобахтер» в своем выпуске от 3 декабря 1930 года изобличила его расовую теорию как «антинационал-социалистическую», ибо та обосновывала притязания буржуазии на монополию в образовании и науке. Позднее Хартнакке стал одним из соиздателей журнала «Фольк унд Рассе», и в октябре 1937 года подверг с его страниц резкой критике первый том «Национально-политической антропологии», а заодно объявил земляков Крика, жителей Шварцвальда, наследственно неполноценными. Крик естественно не сдержался и написал гневное письмо главному редактору журнала Бруно К. Шульцу, а Хартнакке в свою очередь подал в суд за это письмо. Но Крик, будучи опытным бойцом только этого и добивался, ибо в полной мере осознавая силу своего полемического таланта, надеялся развязать публичную дискуссию. Дело приняло не шуточный оборот, в результате чего руководитель расово-политического департамента партии Вальтер Гросс был вынужден обратиться к Альфреду Розенбергу с открытым заявлением, в котором сообщал: «Так называемое гуманитарное направление требует для себя непременного первенства в политике и науке, самым безоговорочным образом отвергая любую критику со стороны ученых-естественников. В свою очередь, Хартнакке имеет выдающиеся заслуги как представитель образа мыслей, последовательно развивающих принципы биологии наследственности, на которой основаны все предпосылки практики отбора и демографической политики».
Крику окончательно было поставлено в вину то, что он атаковал ведущие позиции политической биологии в науке Третьего Рейха, на которых находились специалисты в области биологии наследственности, расовой теории и расовой гигиены. Чувствуя безвыходность положения Крик даже пытался противопоставить Хартнакке самого Гитлера, понимание расы которым, по мнению философа, не было столь «грубо натуралистическим». Кроме того он обвинил Хартнакке в том, что тот принципиально неверно понимает антропологию как таковую. Кончилось тем, что против Крика сформировался целый фронт из ученых-естественников, в лице таких авторитетов, как профессора Пауль Шульце-Наумбург (1869–1949), Мартин Штеммлер, Отто Рехе (1879–1966) и Адольф Хельбок. Все они были первоклассными специалистами и глубоко порядочными людьми, но положение в Германии и мире в целом было таковым, что не давало официальным властям Рейха никакого пространства для маневра в области идеологии. Победить не минуемо должна была одна магистральная линия.
Рейнхард Гейдрих в ноябре 1937 года по предложению Вальтера Гросса запретил публичную дискуссию между Эрнстом Криком и его оппонентами. Дискуссии были нежелательными, так как нарушали картину «монолитного единства» партии. Не позволявший затыкать себе рот либералам, коммунистам и клерикалам, Крик как бескомпромиссный борец за чистоту идеи, в знак протеста покинул пост ректора Гейдельбергского университета осенью 1938 года, а 20 октября того же года уволился из СС в чине оберштурмбанфюрера.
Человек изобретший саму идею Третьего Рейха оказался в открытой оппозиции к собственному детищу, и с 1938 года в его жизни начинается период, который он сам назвал «внутренней эмиграцией».
Однако треволнения внешней жизни решительно никак не сказались на качестве литературного труда и плодовитости. Он также регулярно пишет серьезные аналитические статьи для журнала «Фольк им Верден», а в 1937 и 1938 годах как ни в чем не бывало издает второй и третий тома главного труда всей своей жизни.
