Здесь, в грязном городке, где на зловонном рынке арабские купцы торгуют черными рабами, перцем и слоновой костью, где тропические болезни косят непривычных к африканскому климату европейцев, Магеллан собирает сведения о караванных тропах, ведущих во внутренние области Африки, о золотых россыпях, местоположение которых тщательно скрывают арабы, о силах местных царьков и вождей. Через некоторое время Магеллан возвращается в Индию, в город Кочин, резиденцию вице-короля Индии Алмейды. Он участвует в знаменитой битве у острова Диу 2–3 февраля 1509 г., отважно сражается с арабами и венецианцами и снова попадает вместе с партией раненных в этом бою португальцев в Кочин.
Весной 1509 г. он отправляется к берегам полуострова Малакка на флотилии Диогу Сикейры, которому король Мануэль поручил собрать сведения о богатых странах, лежащих между Индией и Китаем. Благодаря мужеству Магеллана и его друга Франсишку Серрана флотилии Сикейры удается избежать гибели в гавани Малакки. В водах Малайского архипелага Магеллан не раз принимает участие в пиратских нападениях на арабские и китайские суда.
В январе 1510 г. Магеллан возвращается в Кочин. За это время на посту вице-короля осторожного и медлительного Алмейду успел сменить стремительный в своих действиях Афонсу Альбукерке, который прибыл в Индию с широкими планами завоевательных походов и дальнейших морских экспедиций.
Осенью 1510 г. Альбукерке штурмом берет город Гоа, который отныне становится столицей Португальской Индии.
Летом 1511 г. Альбукерке захватывает Малакку, город, который португальцы по праву считали ключом к Китаю. Магеллан сражается и под стенами Гоа, и в Малакке. Однако никакой награды за свои боевые подвиги он не получает. Альбукерке не склонен жаловать угрюмого и смелого в суждениях воина, нередко позволяющего себе открытую и резкую критику мероприятий и планов вице-короля.
В 1511 г. Магеллан участвует в экспедиции Антониу де Абреу, посланной из Малакки к Молуккским островам. Флотилия Абреу дошла до островов Банда, где в изобилии произрастали мускатные орехи. Скупив огромное количество орехов, Абреу поспешил возвратиться в Малакку. Только один корабль под командой Франсишку Серрана отправился дальше, к Молуккским островам. Серран высадился на острове Тернате, родине лучшей в мире гвоздики, и здесь надолго обосновался, сделавшись советником местного султана. С Серраном Магеллан состоял затем в переписке. Мы увидим дальше, что сведения, полученные Магелланом из Тернате, оказались для него далеко не бесполезными.
Между тем на целых два года следы Магеллана теряются. Арагонский историк XVI в. Архенсола сообщает, что Магеллан побывал на каких-то островах, расположенных в 600 лигах (т. е. около 3000–3500 км) от Малакки. Будучи там, он переписывался с Серраном, который якобы звал его к себе на остров Тернате.
Один из испанских историков XVI столетия, Овьедо, указывает, что Магеллан, отправляясь в свое знаменитое плавание, оставил в Главном архиве Индий записку, в которой упоминалось о его пребывании в Восточных Индиях и на Островах Пряностей.
Неизвестно, однако, побывал ли он в этих краях сам или собрал о них сведения, находясь в Малакке. Бесспорно, что в конце 1513 г. Магеллан появляется в Португалии.
Его сбережения погибли: их присвоили себе наследники одного португальского купца, с которым вел торговые дела Магеллан. Его родовое поместье было разорено. Магеллан снова поступает на военную службу и сражается в Марокко. Он становится жертвой интриг собственных соратников и, несмотря на отвагу, проявленную в боях, не только не получает благодарности, но и навлекает на себя немилость командующего португальской армией. Король отказывает ему в пенсии, темные слухи о бесчестных сделках с «маврами» сопутствуют Магеллану после его возвращения из Марокко.
