В результате острого политического кризиса летом 1993 г. правительство НФА пало, Абульфаз Эльчибей покинул пост и к власти был призван многоопытный и авторитетный политик Гейдар Алиев. Он отказался от односторонней ориентации на Анкару и заложил основы современной многовекторной внешней политики Азербайджана. Страна вернулась в СНГ, и даже на время (до 1999 г.) стала членом созданной под эгидой Москвы Организации Договора о коллективной безопасности (ОДКБ). Был подписан «Договор о дружбе, сотрудничестве и взаимной безопасности между Российской Федерацией и Азербайджанской Республикой». После длительных переговоров удалось урегулировать условия использования Москвой Габалинской РЛС, являющейся важным компонентом стратегической системы слежения и раннего оповещения.
Однако известная еще со времени работы в Политбюро ЦК КПСС неприязнь к Гейдару Алиеву президента России Бориса Ельцина препятствовала укреплению доверия между ними, а это отрицательно сказывалось и на российско-азербайджанских отношениях. Тем более что в армяно-азербайджанском конфликте вокруг Нагорного Карабаха Москва негласно взяла сторону Еревана, оказывая армянам экономическую и военную поддержку. В результате Азербайджан так и не вернулся в сферу влияния России, а стал шаг за шагом сближаться с Евросоюзом и США. Президенту Алиеву также удалось несколько оживить диалог с Ираном.
Доверительные и тесные личные контакты Гейдара Алиева с турецким коллегой Сулейманом Демирелем способствовали тому, что партнерство Баку с Анкарой сохранило приоритетный характер. Формула азербайджано-турецких отношений нашла свое выражение в высказывании президента Алиева: «Одна нация – два государства». При этом Баку настойчиво проводил линию на равноправие без деления на «старшего и младшего брата». От услуг турецких советников вскоре отказались, в том числе и в армии. В крупном консорциуме на Каспийском шельфе Азербайджана «Азери–Чираг–Гюнешли» (нефть) и «Шахдениз» (газ) Турция, как и Россия, получила скромную 10 %-ную долю, а основным акционером и оператором проектов стала англо-американская ВР.
Завершение президентской каденции Сулеймана Демиреля и его преемника Ахмета Недждета Сезера, установление в Турции долговременного правления умеренных исламистов из Партии справедливости и развития (ПСР), возглавляемой президентом Абдуллой Гюлем и премьер-министром Реджепом Тайипом Эрдоганом, наложило отпечаток на турецко-азербайджанские отношения. На уровне первых руководителей в них стало меньше доверительности, личной теплоты и больше прагматизма. Турецкие государственники-националисты в высших эшелонах власти и в армии, безусловно, больше подходили в качестве партнеров для светски ориентированного азербайджанского руководства, чем пусть умеренные, но исламисты из ПСР.
Обратная эволюция произошла в отношениях с высшим руководством России. Бориса Ельцина сменил выходец из советских спецслужб Владимир Путин, не скрывавший пиетета к президенту Гейдару Алиеву, в прошлом генералу КГБ и члену Политбюро ЦК КПСС. Хорошие личные контакты установились впоследствии и между новыми президентами Азербайджана и России Ильхамом Алиевым и Дмитрием Медведевым. Оба примерно одного возраста, хорошо образованны, современны и нацелены на модернизацию своих стран с опорой на жесткую властную вертикаль.
Личностный фактор во взаимоотношениях Баку, Москвы и Анкары играл важную роль, но еще более значимым обстоятельством стало изменение положения самого Азербайджана. С начала 2000-х годов страна стала получать большие нефтяные доходы, что позволило достичь фантастических темпов роста экономики, резкого повышения жизненного уровня населения. Азербайджан, нуждавшийся во внешней финансовой и технической помощи, в политической и дипломатической поддержке, в рекомендациях и советах, трансформировался в стабильное, уверенное в себе, быстроразвивающееся государство. Такое повышение экономического и геополитического веса отразилось на отношениях со всеми внешнеполитическими партнерами, включая Турцию и Россию.
