Разумеется, культурных и порядочных людей, которых во фракции октябристов было немало, не могли не возмущать противоестественные блокировки с правыми во имя каких-то тактических целей. То, что правые изо всех сил тащат страну назад, было очевидно многим, в том числе и Хомякову. Еще в 1909 году ему стало окончательно ясно, что, «в сущности, им и делать больше нечего, как скандалить и вызывать в Думе скандалы». Поэтому, когда на пост председателя Думы вместо Гучкова фракция после бурных дебатов избрала крайне правого октябриста М.В. Родзянко, пять членов бюро фракции, включая Хомякова, заявили о своем выходе из этого бюро. В 1911 году октябристы фактически распались. 6 мая Николай Алексеевич заявил: «То, что часть членов фракции не посещает ее заседаний, – конечно, плохо. Но еще хуже, когда во время заседаний ряд членов сидит в соседней комнате и играет в карты».
В лице Н.А. Хомякова мы видим пример исключительно честного отношения к делу. Он вовсе не лукавил, когда говорил о своей нелюбви к политике и о том, что так бы и просидел весь свой век в деревне. По словам П.Н. Милюкова, «к политической кухне Хомяков питал совершенно явное отвращение, и только его ленивая пассивность допускала введение его в фальшивые положения». Он не рвался ни в Думу, ни в ее председатели, у него все получалось как бы само собой, а он просто плыл по течению, пока это позволяли его представления о чести. Но, взявшись за дело, Николай Алексеевич делал его честно и до тех пор, пока оставались силы. Именно поэтому, отчетливо понимая всю пагубность союза с правыми, он фактически возглавил левое крыло октябристов; речь шла даже о создании отдельной фракции. На октябристском банкете по поводу завершения работы III Думы Николай Алексеевич предложил своим единомышленникам собраться на другой день отдельно. Сбор состоялся, и там, по свидетельствам его участников, все ругали Гучкова за компромиссы. Большая личная трагедия Хомякова состоит в том, что он, по-видимому, поначалу искренне верил в возможность достигнуть общественного согласия путем компромиссов во имя совместной конструктивной работы на благо страны. Но общество уже настолько раскололось, что ничего поделать было нельзя. И это уже трагедия не только Хомякова, это трагедия России.
Николай Алексеевич был избран и в последнюю, IV Государственную думу. Правда, к этому времени он, очевидно, потерял всякий интерес к политической деятельности, уже прекрасно понимая обреченность старой России со всеми ее политическими институтами. На вопрос газетчика, не является ли некий последний шаг правительства симптомом трансформации его политики, Хомяков ответил: «Вся наша беда в том, что мы живем без всяких симптомов, изо дня в день. Это единственный и самый скверный симптом». Поэтому в Думе депутат бывал редко, основное время проводя в Сычевке. Его личное дело, хранящееся в архиве, сохранило много записок на имя председателя Государственной думы М.В. Родзянко с просьбой об отпуске.
Хомяков не порывал связей с обществом Красного Креста. С началом Первой мировой он, будучи депутатом, возглавил Красный Крест в 8-й армии, а его дочь Мария Николаевна стала во главе санитарного отряда Государственной думы. Гуманистическая миссия, которую Николай Алексеевич исполнял на фронте, прельщала его куда более депутатской деятельности. Он сидел в 8-й армии безвылазно и писал оттуда Родзянко, что если его постоянное отсутствие в Думе недопустимо, то он готов сложить с себя полномочия ее члена.
