Котловина озера все еще находится, как считают, в стадии формирования. Дно там неровное; оно сохранило следы русел протекавших здесь когда-то рек и ручьев, озер, грив и бугров. Средняя глубина водохранилища – 5,6 метра, а наибольшая едва достигает 25 метров. Большие глубины чередуются с подводными мелями в два-три метра. Эти мели обычно представляют собой лесные вырубки. Всплывающие торфяники образовали острова. В первые годы существования моря их взрывали, чтобы торф не забивал турбины ГЭС, потом перестали.
После весеннего наполнения водохранилище постепенно «срабатывается», теряет воду по графику работы гидроэлектростанции. К концу марта его уровень достигает самых низких значений. После строительства угличской и рыбинской плотин остались в прошлом и великие весенние разливы, запечатленные на фотографиях начала XX века: то, что не затоплено совсем, подтоплению не подвергается.
Море замерзает на несколько дней позже, чем Волга и Шексна. Воды хорошо прогреваются и перемешиваются летом, в июле температура воды достигает 19–22 градусов. Вскрывается море также дней на десять позже.
Уже упомянутый эксперт-«рековед» Владимир Дебольский считает, что водохранилище имеет полезное экологическое значение. Работая как отстойник, оно очищает воду и делает ее более-менее пригодной для жизни человека. «И первым таким фильтром в истории Волги стало Рыбинское водохранилище». Для ученых-биологов Рыбинское море – научная лаборатория, поле для экспериментов, которыми занимаются сотрудники Института биологии внутренних вод Академии наук в Борке и Дарвинского заповедника. Недурна бывает и рыбалка в море.
Но за все это, как выяснилось, нужно платить. В междуречье Волги, Мологи и Шексны было немало заливных лугов с богатым разнотравьем, обеспечивавшим развитие эффективного животноводства. Теперь их нет. На затопленной в середине ХХ века территории находились город Молога и еще около 600 селений. При образовании водохранилища был перенесен на новое место Весьегонск, сильно пострадали Мышкин, Брейтово, Пошехонье и Череповец.
Отцы ели виноград, а у детей во рту оскомина. Происходит размыв берегов и стал огромной проблемой для Рыбинска, сделав актуальной задачей укрепление береговой полосы и борьбу с подтоплением. Проект строительства ГЭС не предполагал берегоукрепительных мероприятий, а необходимость в них очень скоро обнаружилась. У государства вечно не хватало денег. Как говорят, Рыбинск боролся за свои берега почти двадцать лет, в это вложено несколько миллиардов рублей.
«Исследования Рыбинского водохранилища показали, что климатические условия над его акваторией существенно отличны от тех климатических условий, которые были здесь прежде. <…> скорость ветра над акваторией водохранилища почти в два раза больше, примерно на 10 % возросла влажность воздуха». Большие размеры водохранилища и сильные ветры способствуют развитию сильного волнения вод. Высота волн достигает двух-трех метров.
Водохранилище влияет на микроклимат – лето становится холоднее, зима мягче. Климат в городе своим капризным непостоянством и свежестью ветров стал похож на приморский. Зимой в нижний бьеф ГЭС поступает более теплая, чем в естественных условиях, вода, от которой образуется полынья. Значит, неизбежны повышенная влажность, туманы, сырость. Люди начинают болеть.
Появление моря и ГЭС стало социальным фактором. Сталинская эпоха превратила Рыбинск в одну из столиц Гулага и добавила в состав жителей города и мологжан, и ссыльных, и просто разных людей, сорванных с места вихрями сурового времени. Большинство жителей города Мологи переселились в Ново-Лосевский поселок, выросший около левобережного Слипа. Впоследствии его иногда называли даже «Новой Мологой». Блогер-краевед Валентина Холодова рассказывает:
