Главной особенностью общественной казачьей жизни являлись военная организация с выборной системой управления и демократические порядки. Основные решения (вопросы войны и мира, выборы должностных лиц, суд над провинившимися) принимались на общеказачьих собраниях, станичных и войсковых кругах, или радах, являвшихся высшими органами управления. Главная исполнительная власть принадлежала ежегодно сменяемому войсковому (кошевому в Запорожье) атаману. На время военных действий избирался походный атаман, подчинение которому было беспрекословным.
Дипломатические отношения с государством поддерживались отправкой в Москву зимовых и легких станиц (посольств) с назначенным атаманом. С момента выхода казачества на историческую арену его взаимоотношения с Россией отличались двойственностью. Первоначально они строились по принципу независимых государств, имевших одного противника. Москва и казачьи войска являлись союзниками. Русское государство выступало в качестве главного партнера и играло ведущую роль как наиболее сильная сторона. Кроме того, казачьи войска были заинтересованы в получении от русского царя денежной и военной помощи.
Казачьи территории выполняли важную роль буфера на южных и восточных границах Русского государства, прикрывали его от набегов степных орд. Казаки принимали также участие во многих войнах на стороне России против сопредельных государств. Для успешного выполнения этих важных функций в практику московских царей вошли ежегодные посылки отдельным войскам подарков, денежного жалования, оружия и боевых припасов, а также хлеба, поскольку казаки его не производили. Все отношения между казаками и царем велись через Посольский приказ, т. е. как с иностранным государством.
Часто русским властям было выгодно представлять вольные казачьи общины как абсолютно независимые от Москвы. С другой стороны, Московское государство было недовольно казачьими сообществами, постоянно нападавшими на турецкие владения, что часто шло вразрез с русскими внешнеполитическими интересами. Нередко между союзниками наступали периоды охлаждения, и Россия прекращала всякую помощь казакам. Недовольство Москвы вызывал и постоянный уход подданных в казачьи области. Демократические порядки (все равны, ни властей, ни налогов) стали магнитом, притягивающим к себе все новых предприимчивых и смелых людей из русских земель.
Опасения России оказались отнюдь не беспочвенны – на протяжении XVII–XVIII вв. казачество шло в авангарде мощных антиправительственных выступлений, из его рядов вышли предводители казацко-крестьянских восстаний – Степан Разин, Кондратий Булавин, Емельян Пугачев. Велика была роль казаков во время событий Смутного времени в начале XVII в. Поддержав Лжедмитрия I, они составили существенную часть его военных отрядов. Позднее вольное русское и украинское казачество, а также русские служилые казаки принимали активное участие в стане самых разных сил: в 1611 г. они участвовали в первом ополчении, во втором ополчении уже преобладали дворяне, но на соборе 1613 г. именно слово казачьих атаманов оказалось решающим при избрании царя Михаила Федоровича Романова.
Неоднозначная роль, которую играли казаки в Смутное время, заставило правительство в XVII в. проводить политику резкого сокращения отрядов служилых казаков на основной территории государства. Но в целом российский трон, учитывая важнейшие функции казачества как военной силы в пограничных районах, проявлял долготерпение и стремился подчинить его своей власти.
